HCI 只是一個概念, 這樣談比較難聚焦, 我們把它落實到產品名稱上, 比較容易理解, 以下只談 Dell 和 VMware 這兩個品牌:

Dell 的 HCI 產品稱為 VxRail, 他其實不是甚麼新的東西, 就是用原本來的 Dell Server, 預先選好特定的型號和零組件, 搭配上 VMware 現成的軟體, 包成一整包出貨給客戶.
Dell EMC VxRail
所以你的問題 1. 如果是跟 Dell 買 VxRail 的話, 是含軟體的.

再來, VMware 的 HCI 也不是一套獨立的軟體, 他是把幾套現成的軟體組合起來搭配, 裡面有: vSphere, vSAN, 透過 vCenter 軟體提供前端管理介面.

由於 Dell VxRail 已經是先區分成: G, E, V, P, S 五大定型化的硬體配置, 萬一他的配置不符合你企業情境的話, 其實你也可以自己買 Dell/HP 的硬體, 自己搭配規格, 然後買 VMware 的軟體進來, 自己組成 HCI 的架構. (當然, 這樣就代表你自己要花功夫去安裝和建置系統, 因為 Dell VxRail 是已經含建置配套)

這種狀況很接近你的問題 2. 但是不能只買 Essential Plus, 因為這樣你只有 vSphere, 沒有 vSAN. 你至少要另外再單獨買 vSAN 授權, 才能組成 HCI 環境.

此外, 問題 2. 提到 Essentail Plus 的限制, 是的, 他只允許使用 3 node, 如果要超過的話, 你必須廢棄整套 Essentiall Plus, 重買 vSphere Standard 版 + vCenter Standard 版 (這是兩套不同軟體), 才可以建置超過 3 node 以上的 HCI.

問題 3. 其實很難說, 3 node 夠不夠用? 有些小企業買規格高一點的硬體, 1 node 就已經用不完了, 2 node 是為了要 Redundancy, 3 node 則是為了要組成 vSAN 的最小組態. 我看過有客戶在這樣環境跑了 12 家公司的 ERP 系統, 總共 30 幾台 VM.

所以, 要看你們企業的使用量, 能否在 3 node 內的硬體規格被滿足? 不過, 這裡不能只計算 CPU/RAM/Storage 的用量, Storage 的效能也是擴充關鍵之一, vSAN 的特性是: node 越多, Storage 的效能就越高, 所以你們最後的決策可能會卡在: 3 node 的 vSAN 效能, 夠不夠你們用?