有關專利的知識點太多了，一時說不完，此回答僅就你的提問作答。

如果你有申請並且獲得專利，則將可以保護你的創作，你可以不用搜索看他的code 是否與你寫的一樣，就從仿冒者所執行的功能是否構成侵權即可。

首先，這得先討論到專利的部份。
如就單單你所言來說，只要你能申請出專利。
只要「仿」的人。有達到你專利登記的事項 ??%(我忘了幾%了)
就可以提告。這點是沒問題的沒錯。

但有幾點得要告訴你
申請搜尋：這不是你可以申請或要求的，而是看警察或是檢察官決定是否要申請。

申請專利，並沒那麼簡單。公開性、共通性、常用性及大眾性....等等。是不能列為專利項目內的。
用程式碼的例子來說。你不能將「if」「for」「class」等代碼列為你的專利性。
因為這樣你會被全天下的工程師給打死的。

但就動作性來說。如「可以計算」「可以變色」「按下去跳到某個網頁」...這種常用性的動作。
也是不能列為你的專利項目內。
因為這樣你會被全天下的美術人員及前端給打死的。

就裝置而已。你不能說「我安卓及APPLE都可以安裝」「可以遠控」「可以省電」...
這也不能列為你的專利項目。
因為這樣你會被叔叔...喔!不，全天下的APP開發者給打死的。

所以，如就事論事來說。只要你有辦法申請到專利，且對方有使用到你專利任何的項目達一定比例。
你的確可以靠...不對，是告。

但事情有那麼簡單嘛??一個程式碼。要達到獨特性。大多數都是很難的。
畢竟，只要你的程式碼有用到任何一點第三方的元件或是框架。大多數來說。
你就只能剩下邏輯性的專利可以申請了。但邏輯性來說是最難申請的過的。

以上說明，你是否可以了解??還想再問嘛?是否好好的去做好事就行了。
等到你有辦法能買MAC。再來考量這些事會比較好

不知道樓主為何一心執著在專利保護, 而不選擇主張著作權侵權?
(這要論述起來架構太龐大, 篇幅有限, 暫時先稍微提示到這裡...)

著作權的舉證難度和成本, 都遠低於專利權...
你自己要先能有效舉證, 才能在訴訟上打贏...

如果你做的，也是大家都做的出來的，就沒有所謂專利獨特性，基本上想告也不會成立，比如說傳檔，聊天傳訊息，算明牌，印資料.....

但如果你能寫出現在市場上都找不到的功能，如
1、印10本各500頁的資料，如果以現有的方法，就是指定一台連印10份，如果你的事務機或印表機只有30PPM的能力，那你10本可要印個20分鐘*10 = 200分鐘 = 3小時，如果你寫個程式，讓工作平分到5台事務機上，一台印2份，那大概可以40分鐘搞定....
2、聊天傳訊息，這誰都會，如果你可以做個傳遞的訊息無法被中國政府破解，還不會被中國政府封鎖，那你也能拿到獨特性
3、算出來的明牌百發百中，就算有人仿著寫，但就是不中，那你不用專利也能賺到嚇嚇叫
..........

打個比方而已

你的程式是屬於哪一類的呢？對方想抄也要改個樣式，或是用自己的呈現方式讓客戶驚艷，而不是跟你長的一樣，只是價格比較便宜，那還不如原創

仿冒軟體有罪嗎？

有人告+法官也判定有罪=有罪

因為現在就有仿冒問題，我之前請人設計軟體，現在要推廣到我的行業，怕被仿冒，感覺要查仿冒困難重重，如果我自行處理客戶資料，送出他們要的結果，不讓他們知道我如何處理，這樣應該就不會被仿冒是嗎？

對
精確點說是提高仿冒的難度

建議別想那麼多...

你要申請專利要付出一大筆專利維護費用
而且專利權是屬地主義
除非你願意付一大(很大,非常大)筆錢在全世界重要國家都申請
不然有心人士也可以在國外施用你的專利來做雲端軟體或服務
用一些技巧在台灣使用
更何況你想保護的範圍包含其他與你產品不相關的行業
這麼大的範圍都非常難以通過專利審查

至於著作權方面
你提到仿冒兩字是很嚴格的認定
是指對方有跟你完全一樣的產品於且散布並販賣圖利
並有利用你的品牌形象
實務上也很難界定程式碼有多少比例相似度算是抄襲
判決會受到法官主觀認定跟律師等級有很大的差異
最終多半都是無法構成侵權
特別你是找人幫忙設計撰寫的(非自己公司內部員工)
雖然不知道你們合約內容
但由於你似乎不是販賣此軟體來直接營利
所以這軟體的著作權是歸屬於設計者
(你僅擁有這套軟體的所有權,參見著作權法第12條)

回到該如何保護你的軟體跟想法
除了可以自行處理客戶資料
或是加入一些複雜化的干擾來提升模仿的難度外
也可以在設計軟體時把重要的參數跟步驟設計成需額外輸入來保密
也可以思考利用你這個軟體後獲得的產品是否會有甚麼特別的特徵
實體產品往往會比虛擬的軟體或想法有更多專利化的技巧
如你的想法真的如此有價值
建議可以花點錢找事務所諮詢看看

因為你太保密了
我們也沒有辦法提供太多具體的建議
其實這裡高人很多
如果是天大的創新也不用特地來這裡問
若不是還是盡可能揭露分享細節與人討論比較實在
你這樣提問會有太多部分要我們去通靈
是程式人最討厭的方法...

仿冒軟體我有不同的見解, 看到別人不好與好的, 能做出比它好或收為己用, 僅憑功能解說或實際操作基本上都能實現, 這似乎不再抄襲範疇內. 功能相同但內碼不同就不等於抄襲. 不然微軟只要他想全世界的工程師都能被他告.
拿ERP來說, 每家有規模的都脫離不了這個軟件, 且不只是只有鼎新一家在做而已, 但我是這麼覺得...這些公司都不存在告人抄襲的資格因為他們軟體的功能就是在複製各個公司的營業流程軟件目的, 只是在提供更方便的途徑.
軟體產生就是看了某些不好與好的才誕生, 你所謂的仿冒軟體可能是99%抄襲才算吧

我做一套特定行業軟體，節省人力 <-- 既然是你做出來的軟體，就自已寫個小程式 (3個月沒有交保護費，就無法使用，這不就解了嗎？)

別人找工程師 寫一些功能，上面有參考某某大神的流程精神，但沒有全部照抄，這個不算犯法吧。

好像每個寫程式的人，都是這樣學習上來的吧。

如果模枋有罪的話，那可能全部的軟體工程師都要捉去關了優！

這個問題和隔壁小吃店一樣。

今天你做了一個市面上還沒看過的創意料理，推出之後生意很好，隔壁小吃店也想分一杯羹，推敲你的食材、味道和外型做了個高度類似的。

隔壁村的小吃店兩星期後看到了，也照著做。
一個月後，全台灣的夜市都出現了。

你，告他們嗎?