Case by case.
沒有一種方法能夠讓所有人都接受，發案方跟接案方都能同意就好。
我過去的案子大多沒收過訂金，但這是建立在1.我與多數的發案方有良好的信賴關係；或2.案子小到發案方逃跑，頂多設為黑名單就算了這兩個前提之下。我非常認同先收訂金以防做白工的概念，不過在我預設接案的前題下，我沒有實際收過訂金的經驗。
未來如果有未曾接觸過的發案方提出較大的案子的話，事先議定訂金及訂金比例會是我需要考量的。當然如果對方無法接受的話，頂多不接就是了。
這種狀況下，有些人會選擇不收訂金硬著頭皮接，有些人甚至會削價競爭。接不接或如何商討訂金及付款比例，端看你想成為怎麼樣的接案者了。

過來人的經驗給你參考

只要有合約，訂金一定要收。無論是收多收少。就算收100也行
因為合約需要建立在利益關係上才能穩固生效。
無實值利益關係的合約，很容易被搬盤的。

再來，訂金的收取，一定得要用匯的。就算不用匯的也得要有收據或是發票。
以上是單純在合約上的定義結論。
基本不想付訂金的，有一半以上就是為了要跑法律責任。騙不懂的學生接案。

回來正題。
一般來說案子的收款，會先決定期數。
我這邊是5萬內最多2期。採6 4或 5 5
基本上5萬內的東西大多數不用太擔心技術問題。所以大多數來說業主是都可以接受的。

10萬以上的會分3期。大多數是 4 3 3分。訂金4->完稿檢查3->完工3
有些比較高金額的。最多分4~5期。
這就有兩種分法。階段開發式跟時程開發式。

階段開發完工的，則是訂金3 2 2 3 或 3 2 1 1 3

小案子，我是收完全額再開工。
中、大案子則沒有訂金不開工。

不怕程式苦，就怕做白工！

我想請教的是我的習慣流程有問題嗎?

只要能達成共識，就沒有問題

還是像對方說的金額小就不用定金尾款的流程

雙方都同意即可

另外定金我本身會收總額的40%會太多嗎

雙方都同意即可，有那麼一天，你想先收 100% 再開工也可以
我過去的經驗是 30%，僅供參考

我也是最少要3分之1的訂金。
之前有接一個案子只有15萬，對方付了5萬訂金，我開始撰寫架購需求文件給對方確認，過了一週還沒回覆，然後.....然後對方公司倒了，【好哩家在】沒做白工。

結論：不管金額多少還是先收訂金為妙。