鐵人檔案
這篇是獻給所有要做16S Metagenomic的學子們， 無論你是專題生、研究生， 無論是做人類、動物、水質、土壤，只要跟菌相有關一律適用! 次世代還是第三代定序通通都介紹，文中著重於分析軟體操作、資料處理、資料視覺化解讀及菌相功能預測的應用，就讓修過高中生物教程的傢伙，用淺白生動的話講給你聽!
製作一張酷酷的分類柱狀圖 (Taxonomy Bar Plot) 分類柱狀圖(Taxonomy bar plot)可以幫助研究者一窺樣本的物種分布，QIIM...
一窺樣本微生物組成 - 動態圓餅圖與 Top N 分類柱狀圖 Krona 互動式多層圓餅圖 Top N分類柱狀圖 比較 視覺化類型 環境條...
畫出菌的族譜 - 菌與菌之間的距離 還記得 [Day 01] 放了一張酷酷的親緣關係樹嗎?今天要來繪製它! Rooted Phylogenetic Tree做...
一目了然樣本與樣本間的差異 今天天氣晴朗 走輕鬆路線，來畫一張大小朋友教授都愛的熱圖 (Heat map) (? : 熱圖可以幫助判斷樣本之間的菌種豐富度分布，...
可以去掉條數不多的樣本嗎 ? 取樣深度 (Sampling depth) 還記得[Day 09] 提及的品質控制(Quality control)嗎? 在範例的...
情境 : 森林裡的樹木多樣嗎? 假設你走路走著撞見了一片森林，想知道森林中樹種多樣化程度，要如何進行量化分析呢? 在生態學角度，「多樣」這件事情可以分成物種豐富...
組內多樣性的視覺化呈現方式 Alpha Diversity 強調的是組內的量化數據，接下來就來看看 Alpha Diversity 呈現的兩種常見圖表，稀疏曲線...
維度分析 (Ordination plots) Beta Diversity 強調的是組與組之間的量化數據，從範例檔案來看，每個樣本有約莫100種菌 (確切來說...
微生物在群體中扮演什麼角色-功能預測 經歷了品質管制、物種分配、多樣性分析，多半只聞菌名，不明白菌在其中扮演的角色，可能是代謝醣類又或是分解纖維素......等...
預測酵素及代謝途徑豐富度 PICRUSt2 強大之處可以藉由菌相資料預測獲得 Enzyme Commission (E.C number)、KEGG Ortho...
