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16S rRNA 從次世代到三代定序-生資QIIME2資料分析趣 系列

這篇是獻給所有要做16S Metagenomic的學子們, 無論你是專題生、研究生, 無論是做人類、動物、水質、土壤,只要跟菌相有關一律適用! 次世代還是第三代定序通通都介紹,文中著重於分析軟體操作、資料處理、資料視覺化解讀及菌相功能預測的應用,就讓修過高中生物教程的傢伙,用淺白生動的話講給你聽!

鐵人鍊成 | 共 33 篇文章 | 12 人訂閱 訂閱系列文 RSS系列文

[Day 31] NGS QIIME2 : 尋找生物標記(Biomarker) LEfSe + dokdo 套件 (上-原理與安裝)

尋找各組別的 Biomarker 菌種 在先前教學文章中介紹了各式各樣生資工具,儘管 Alpha 與 Beta 多樣性分析可以一覽組內與組間的特徵,若想要一窺究...

2023-05-09 ‧ 由 MDChain 分享

[Day 32] NGS QIIME2 : 尋找生物標記(Biomarker) LEfSe + dokdo 套件 (中-實作)

透過 dokdo 製作 LEfSe 輸入資料 在已經裝好 dokdo 的 QIIME2 環境下輸入,不需要跑很久,通常一兩分鐘內會完成 : dokdo prep...

2023-05-20 ‧ 由 MDChain 分享

[Day 33] NGS QIIME2 : 尋找生物標記(Biomarker) LEfSe + dokdo 套件 (下-配色)

受夠醜到不行的正紅正綠色正藍色了嗎? 本篇帶你重拾對美學的感知! 透過 SVG 更改 LEfSe 配色 SVG (Scalable Vector Grap...

2023-06-20 ‧ 由 MDChain 分享