作業系統是伺服器的靈魂. 沒有了作業系統, 再好的伺服器也只是一堆廢鐵, 只可惜現在的伺服器買回來並不是插電就可以用的(如果有那麼一天就會有很多人要失業了), 還是需要安裝作業系統的.
Microsoft推出的給伺服器使用的作業系統們, 從最新的Windows Server 2008到古早的Windows NT 4.0 Server, 當然還有號稱幫小型企業量身打造的Small Business Server. 這些作業系統的問題不少, 但好好照顧還是可以活的很好, 再加上圖形化容易上手的介面, 讓大家即使不滿意, 但還能接受的霸占著超過一半以上的伺服器作業系統市場的佔有率.

有Microsoft的愛好者, 自然也會有non-Microsoft的擁護者. 使用著穩定度極高的Unix/BSD改版成可以在 x86系統上執行的Unix Like(Linux), 在市場上也有她們的一片天.
暱稱為小紅帽的Redhat幾乎是所有Linux擁護者使用的第一套作業系統, 從完全免費到現在的使用者付費, 小紅帽一直沒有讓大家失望過. 另外一套需要付費的Linux是已經被Novell買下來的SuSE Linux, 這套作業系統延續了Novell Netware穩定的傳統, 不怎麼照顧也會一樣活的好好的.

當然也有免費而穩定的作業系統可以滿足公司在有限預算的情況下, 買了伺服器就沒有錢買作業系統的困擾, 只是MIS/IT人員就需要多花點心思維護她們就是. CentOS號稱是Redhat 100%相同的免費版本, OpenSuSE則是對應到SuSE的免費版本. 這兩個版本有個很大的相同點, 市面上幾乎找不到可以參考的中文書籍, 只能靠多讀書和多參加社群與多做練習來增加自己功力.