最新版本請見：https://chenhsieh.com/post/bioinfo/02-terminal-usage/

喜歡打字嗎？那你先不要用滑鼠

有一個關於生物資訊的謠言，就是一定要在 Unix-like 作業系統上面分析，而且要用純文字的方式輸入指令操作電腦，像是電影裡的駭客一樣。這實在是會把某些從小用 windows 長大的中產階級小孩嚇壞，其實已經有很多圖形化的生資軟體，甚至越來越多分析平台不用安裝，全部在瀏覽器中執行就可以。但是如果要能夠靈活地運用各種最新套件，還是要學學如何透過終端機輸入指令來操作電腦，所以那個謠言在某種程度上還是真的。

(截圖來自遊戲 Quadrilateral Cowboy)

平常在圖形化介面下，用滑鼠雙擊資料夾以打開該資料夾的行為可以拆解成下列兩個動作

[在當前的頁面] 以鼠標點擊(指令) 資料夾圖示(參數) + [在新的當前頁面] 顯示該資料夾內容(指令)

而在終端機中沒有鼠標也沒有圖示，上述的行為只是變成

[由目前所在位置] 要求改變所在位置(指令) 到目標位置(參數) + [由新的目前所在位置] 顯示該位置中的所有內容(指令)

只需要小小地轉換想法，以及熟練一點點基本指令，就可以遊刃有餘地拋棄滑鼠，用純指令的方式來操作電腦。

與終端機的首次近身距離作戰 (以 Mac 或 unix-like 電腦為例)

打開終端機，先不要對密密麻麻的文字感到恐慌，把他們想像成你在超市中遇到的橘子、香蕉、蘋果、或番茄，或是平常使用電腦時，人腦自動忽略掉的其他各種軟體 logo 圖示。

找到閃爍的游漂，游標左方出現的大概是電腦名稱、當前位置、使用者名稱。輕輕敲打鍵盤就可以看到你所輸入的文字，切換成英文輸入法之後，依序試試下列的基本指令吧！(Mac 與 Windows 系統的指令略有不同，以下以 Mac 或 Ubuntu 等電腦為例，如果需要 Windows 的指令的話可以看這裡)

顯示完整的當前位置 pwd (Print Working Directory 的縮寫)

游標左方就有當前的位置或資料夾名稱，但是如果想要知道更加完整的路徑的話，請輸入 pwd，即刻取得絕對路徑。如果是 Windows 系統的話直接輸入 cd 。

顯示資料夾內容：ls (list 的縮寫)

輸入 ls，不用任何參數，按下確認，終端機就會回傳該資料夾中的所有檔案以及資料夾名稱。

新增資料夾：mkdir (make directory 的縮寫)

這個指令就需要參數囉，輸入mkdir test，就會新增一個叫做 test 的資料夾。在圖形化介面中直接右鍵新增資料夾之後，新的資料夾會有預設的名稱 "New Folder"，但是 mkdir 沒有這樣預設的服務，沒有搭配後方給予資料夾名稱的參數的話，會收到 usage: mkdir [-pv] [-m mode] directory ... 這樣子的回覆，也就是這個指令的簡單使用說明，代表執行失敗，沒有新的資料夾產生喔。

切換資料夾：cd (change directory 的縮寫)

剛剛新增了 "test" 的資料夾，那就讓我們進入那個資料夾，輸入 cd test，沒有收到任何回覆，但是看看此時游標左側的當前位置，已經變成 test 囉，可以 ls 看看是否就是新資料夾一塵不染的樣子。讓我們回到上一層資料夾，請輸入 cd ..，再 ls 一次看看是不是又可以看到 test 這個資料夾啦。

刪除：rm (remove 的縮寫)

足跡留下，垃圾帶走，我們已經回到了原本的目錄，讓我們把剛剛新增的 test 資料夾刪掉，請輸入 rm -r test，這邊出現了 r 參數，因為我們要移除的 test 是一個資料夾，刪除的時候要強制連其中的內容物也一起刪除，所以必須要加上分別代表遞迴的 r 參數。

請到櫃台預約後續練習時間

這篇的基本內容實在是很尬，這種終端機基本操作網路上早就有一大堆更清楚的教學了，需要更多功能請直接 google。如果要更加熟練地使用這些指令的話，在實作中練習更加有效。

喜歡透過簡單地操作練習，在遊戲化的過程中獲取成就感的朋友，可以考慮 Hacknet 這款遊戲。某個大駭客連絡上你，你在他一步步電子郵件的引導下，透過上述的進出資料夾與抹煞紀錄的終端機純文字操作進展中，抽絲剝繭獲得成就並理解劇情。除了可以在不知不覺間熟練指令以外，操作的介面大部分時候都是文字，沒事就開著還可以讓人誤以為你正在認真工作。

Hacknet on Steam

喜歡研究工具本身或是這種純脆靠打字完成工作的獵奇感的朋友，則可以去探索更多終端機專屬的特性與實用工具，或是把圖形化介面搬回終端機的軟體。實用的部分，Windows 上可以透過 Shutdown 指令搭配參數設定自動關機的時間，termdown 則是個極簡計時器。而某些工程師獵奇趣味的部分，則比如在終端機上瀏覽網頁的軟體 Lynx，或是看天氣 wttr.in。

trehn/termdown

Lynx
Weather report

萬一你成功地用終端機用上癮了，請記得回來告訴我還有什麼好玩的終端機應用吧！

參考資料與延伸閱讀

Galaxy.org

Django Girls' Tutorial 中文版教材

終端機及常用指令介紹 - 為你自己學 Git | 高見龍

Day26-終端機操作 - iT 邦幫忙::一起幫忙解決難題，拯救 IT 人的一天

Hacknet

trehn/termdown

Weather report

Lynx

關於作者

謝晨 (Chen Hsieh)，臺大園藝暨景觀學系研究所碩士。讀碩士前的興趣是懷著寫點程式妄圖解決農業問題的夢想參加比賽，拿了幾個黑客松與 Open Data 創新應用競賽的獎，卻都沒有勇氣將項目經營下去；研究所期間的興趣轉換成讀學術期刊的出刊電子報。靠著這些興趣當選 107 學年的臺大優秀青年，畢業後在農場旁的研究館辦公室寫點東西，希望可以跟世界分享生物資訊與園藝的樂趣！

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