Document Database 的 Document 並不是指一個「檔案」，把 Document Database 理解成 Document-Oriented Database (文件導向的資料庫)比較不容易誤會。首先先定義 Document，Document 指的是包含「結構」和「資料內容」半結構化的資料，是一個 Key-Value 資料集合，Key 是欄位名稱，value 是基礎資料型別、簡單結構或一個 Document(Embedded Document)。這樣描述可能不太好理解，舉幾個常見的例子，HTML、XML、Json 和 YAML 所建立的資料都算是 Document。HTML 由 HTML 元素組成，每個元素都以標籤夾著資料內容，像是 <h1>Title</h1> 的 h1 是一種標籤，中間的 Title 則是資料內容，也可以在元素的資料內容中放 HTML 元素，像是在 <ul> 中放入多個 <li>：

<ul>
    <li>First</li>
    <li>Second</li>
    <li>Third</li>
</ul>

其他類型的 Document 也都可以看見相同的概念，只是各自有不同的描述格式。
XML：

<student>
    <name>Jack</name>
    <height>176</height>
    <weight>72</weight>
</student>

Json：

{
    "student": {
        "name": "Jack",
        "height":176,
        "weight": 72
    }
}

YAML：

student:
    name: Jack
    height: 176
    weight: 72

Embedded Document 是指被放在 Document 中的 Document，在需要儲存有關聯關係資料時，這樣的設計提供有彈性的選擇。以「課程和修課學生」這種多對多關係，在使用關聯式資料庫時會拆分出兩張表，一張是課程，一張是學生。在 Document Database 中它們可以被放在同一個 Document，這樣就不用透過 Join 的方式將兩張表查詢組合在一起。透過將有關聯且時常一起存取的資料放在一起，達到提升效率的做法。

若以 Json 格式會像這樣呈現：

{
    "ClassName":"C1",
    "Students":[
        {
            "Name":"Andy",
            "Score":"A"
        },
        {
            "Name":"Brian",
            "Score":"B"
        },
        {
            "Name":"Chris",
            "Score":"C"
        }
    ]
}

{
    "ClassName":"C2",
    "Students":[
        {
            "Name":"Patric",
            "Score":"A"
        },
        {
            "Name":"Zoe",
            "Score":"B"
        },
        {
            "Name":"Simmon",
            "Score":"C"
        }
    ]
}

{
    "ClassName":"C3",
    "Students":[
        {
            "Name":"Thomas",
            "Score":"A"
        },
        {
            "Name":"Kate",
            "Score":"B"
        },
        {
            "Name":"Eve",
            "Score":"C"
        }
    ]
}

在 Document Database 中，多個 Document 被放在 Collection 中，設計如何分派 Document 到 Collection 是快速的增刪查和可擴展性的關鍵，Collection 中的各個 Document 結構不用完全一致，但應該有一定程度的共同點。透過好的 Collection 設計並在裡面建立索引，可以讓使用者可以更方便且有效率的存取同個 Collection 中的資料，在有大量資料時利用索引會比從頭到尾掃描來得有效率。

不像關聯式資料庫必須先定義好 Schema，Document Database 不需要定義好 Schema 才能對資料庫進行資料存取，這提供了更大的彈性，但也代表應用程式端對於資料約束必須負擔起更多責任。資料的設計跟功能一樣會隨著時間及需求逐漸變化，但沒有資料庫系統替你控管資料的欄位是否存在、該是什麼型別或是可不可以為空等結構和約束，也包含隨著時間而變化導致新舊設計差異的處理。