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16S rRNA 從次世代到三代定序-生資QIIME2資料分析趣系列 第 33

[Day 33] NGS QIIME2 : 尋找生物標記(Biomarker) LEfSe + dokdo 套件 (下-配色)

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https://ithelp.ithome.com.tw/upload/images/20230619/20151510yTiLlJBBzO.png

受夠醜到不行的正紅正綠色正藍色了嗎? 本篇帶你重拾對美學的感知!

透過 SVG 更改 LEfSe 配色

SVG (Scalable Vector Graphics) 是一種可以縮放的向量圖型檔案,如同 Adobe Illustrator 向量式繪圖一般,檔案內是用函數、線條所構製而成,也因此有別於JPG、PNG、GIF點陣圖,向量圖一直放大不會出現馬賽克的情況

SVG 對於放在一生通常只會出一本的論文、被投稿期刊要求超高DPI的研究生來說,簡直是福音,充滿研究熱忱的你,右鍵以記事本方式開啟 SVG 檔案,就會看到滿滿的程式碼,稱為可延伸標記式語言 XML (Extensible Markup Language),也因此我們可以從中動動手腳,讓 LEfSe 配色跟人生變成自己喜歡的樣子

尋找原始色碼

  1. 以瀏覽器開啟 SVG 檔案,對著想要更改的顏色,按右鍵選檢查,以下範例選擇沒有顯著差異的黃色進行更改。

  2. 會見到視窗右側有滿滿的程式碼,此時複製or記下想改變的黃色色碼#bfbf00 :
    https://ithelp.ithome.com.tw/upload/images/20230619/20151510yUwvsf2xHE.png

  3. 主流瀏覽器也提供選色預覽,點右側色塊(紅框處)可進行變換預覽,若換成灰色#d6d6d0感覺還不錯 :
    https://ithelp.ithome.com.tw/upload/images/20230620/20151510MQQcnEExuK.png

  4. 可以看到原本的一塊黃色圓圈已經變換成灰色了(左側紅框處) :
    https://ithelp.ithome.com.tw/upload/images/20230620/20151510wEbU8ELD4M.png

以記事本或編輯器開啟 SVG,全部取代特定色碼

  1. 在要變美的檔案,以右鍵選擇開啟檔案>記事本 :
    https://ithelp.ithome.com.tw/upload/images/20230620/20151510XIb36Uhp4x.png

  2. 就會看到一堆程式碼,莫驚莫慌 :
    https://ithelp.ithome.com.tw/upload/images/20230620/20151510yNiHgPo6P8.png

  3. Ctrl+F可以呼叫出搜尋與取代功能,點紅框箭頭可以展開,分別輸入原本醜醜的黃色#bfbf00與漂亮的灰色#d6d6d0色碼(有無#無妨),記得點全部取代,之後關閉記事本按儲存。
    https://ithelp.ithome.com.tw/upload/images/20230620/201515107gca6RISaR.png

  4. 如果重複尋找原始色碼步驟,挑選多個想替換的顏色,再以記事本或編輯器取代色碼,點兩下直接以瀏覽器開啟 SVG ,就能出現以下美美的結果圖 :
    https://ithelp.ithome.com.tw/upload/images/20230620/20151510gLbSiYXyZO.png

藍色#03a9f4、灰色#d6d6d0

這次真的完結啦~

趕快拿著美美結果圖給教授看吧!
祝福看到這篇的每位研究生都有個美好順利的Meeting時光?
筆者也要口試了,希望一切順利🍀

口試通過順利畢業囉~ 如果在操作上有任何問題歡迎留言詢問!


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