系列文章
[Day 21] 統整 NGS 次世代定序 16S rRNA 生資分析學習地圖
次世代定序 16S rRNA 生物資訊分析教學地圖 本系列文前20篇以次世代定序(NGS) 16S rRNA分析教學為主，並以相同範例檔案貫穿各篇，分析流程具有...
[Day 22] TGS 第三代定序原理 (Pacific Biosciences)
短片段且解析度有限的 NGS 次世代定序 在 [Day 05] 的 16S rRNA 介紹中，曾經提及 NGS 的技術限制在單條超過 300 bp 品質就會急速...
[Day 23] TGS pb-16S-nf : 分析流程概述與安裝
三代定序分析主程式 pb-16S-nf v0.3 QIIME2 對於二代定序資料高度支援，但在第三代定序的資料相容性上仍未完善，本篇採用由 PacBio 官方於...
[Day 24] TGS pb-16S-nf : 範例序列下載與製作輸入檔案 (Manifest & Metadata)
準備第三代定序分析所需的輸入檔案 pb-16S-nf 沿襲了 QIIME2 [Day 06] 的特色，同樣需要下列輸入檔案，在格式上與次世代相當類似 : 定序...
[Day 25] TGS pb-16S-nf : 執行分析及結果頁面簡介
執行 pb-16S-nf 第三代分析與檔案簡介 有別於 QIIME2 一步一步手動輸入指令處理，pb-16S-nf 與 PICRUSt2 一樣提供單一指令執行全...
[Day 26] TGS pb-16S-nf : 結果圖檢視與取樣深度 (Sampling depth) 的調整
資料前處理、品質管制、物種分配的視覺化 pb-16S-nf 本身即整合 QIIME2 軟體緣故，所產出的圖檔幾乎相同，本篇則先介紹資料前處理、品質管制、物種分配...
[Day 27] TGS pb-16S-nf : 更改註釋資料 (Metadata) 的處理、熱圖與多樣性統計視覺化
分析跑完欲更動註釋資料 (metadata) 的組別 實務上常常會在分析後看著結果圖，想更改/新增/刪除組別分類看看，若每次都要重頭跑分析實在太麻煩了，其實只要...
[Day 28] 統整 TGS 第三代定序 16S rRNA 生資分析學習地圖
第三代定序 16S rRNA 生物資訊分析教學地圖 第三代定序分析大部分承襲 NGS 次世代定序，學習上若有次世代分析基礎會更得心應手，本篇以未曾學過次世代定序...
[Day 29] NGS TGS 定序分析報錯 : 那些分析時遇到的蟲子們
沒有寫過程式就不會遇到 BUG 本篇介紹執行定序分析常見的報錯情境，而報錯的方式千百種，查詢解決方法就一種 :錯誤訊息複製起來，扔到 Google 就對了不過總...
[Day 30] 微生物基因組 16S rRNA 生資定序分析 : 教學資源分享
再往前一步，定序分析教學資源分享 官方資源 QIIME2 技術文件 學會看技術文件是工程師的必修課程，儘管 QIIME2 的前端排版實在是有點難下嚥，由於所...