資料前處理、品質管制、物種分配的視覺化

pb-16S-nf 本身即整合 QIIME2 軟體緣故，所產出的圖檔幾乎相同，
本篇則先介紹資料前處理、品質管制、物種分配，
並提供該檔案路徑檔名，供讀者查閱 :

• 資料前處理

  • 加工 (Artifacts) 壓縮後的概述 (Overview)

    • Overview 確認樣本名稱、數量與條數
      TGS_sewage/allResults/summary_demux/samples.demux.summary.qzv
      

    • Interactive Quality Plot 序列品質查看
      TGS_sewage/allResults/results/visualize_biom.html
      因 TGS Quality Score 過高 (>45 甚至 90 相當常見)，
      使得 QIIME2介面的縱軸無法相容，
      在這裡會使用上述路徑做觀察 :
      

      還是可以偷偷看一下，會發現顯示報錯 :
      TGS_sewage/allResults/summary_demux/samples.demux.summary.qzv
      

  資料加工壓縮基礎解說 : [Day 07]

• 品質管制

  • TGS_sewage/allResults/results/dada2_stats.qzv
    
  • TGS_sewage/allResults/results/dada2_table.qzv
    
    可以觀察 QC 結果、繪製親緣關係樹等，詳見先前分析文章。

  若想試試啟動 QIIME2-2022.8 環境繼續手動分析往下做也可以 !
  其原始檔案(.qza) 位於 TGS_sewage/allResults/dada2/資料夾內。

• 物種分配

  還記得[Day 23] 提到 pb-16S-nf 使用
  VSEARCH 與 Naive Bayes classifier 兩種分類器嗎?

  因此在物種分類結果上也會有兩種檔案可以參考，
  分析者可以觀察分類器的表現決定，也會發現其層級與NGS 二代分析相比，
  三代分析多數都能達到種 (Species) 層級 :

  • Naive Bayes classifier
    TGS_sewage/allResults/results/taxa_barplot.qzv
  • VSEARCH
    TGS_sewage/allResults/results/taxa_barplot_vsearch.qzv

  

  • krona.qzv
    TGS_sewage/allResults/results/krona.qzv
    

取樣深度 (Sampling depth) 的調整

pb-16S-nf 由於流程皆自動化的關係，
在稀疏曲線的取樣深度 (Sampling depth) 也交給了程式，
可在TGS_sewage/allResults/rarefaction_depth_suggested.txt 檢視程式給的值，
以範例檔案來說是 37867 ，經由檢視TGS_sewage/allResults/results/dada2_table.qzv後，
會發現有1個樣本被淘汰了 (意即剩3個樣本進入統計分析與繪製)。

若這樣的結果不是你想要的，如想全部保留，
可以使用--rarefaction_depth指令重新設定取樣深度 :

nextflow run main.nf \
--input TGS_sewage/manifest.tsv \
--metadata TGS_sewage/sample-metadata.tsv \
-profile conda \
--outdir TGS_sewage/allResults \
--dada2_cpu 32 \
--cutadapt_cpu 32 \
--vsearch_cpu 32 \
-resume \
--rarefaction_depth 32346

下回介紹群組的視覺化組別調整~