由於惡意軟體與間諜程式不斷地推陳出新，我們必須定期掃描電腦，才能確保系統中沒有惡意的間諜程式。而 Windows Defender 可設定自動定期掃描，讓電腦自動掃描間諜程式。Windows Defender 預設就會啟動自動定期掃描的功能， 但預定的掃描時間卻是每天凌晨兩點。那如果這時候使用者的電腦已經關機，就無法進行掃描，因此建議根據自己的使用習慣來更改定期掃描時間。設定方式如下：
設定完後，當設定的時間一到，只要電腦處於開機狀態，就會開啟 Windows Defender，並自動掃描是否有間諜程式。萬一發現間諜程式，可參考前述作法來刪除或隔離檔案：
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