Python學習筆記: Pandas 批次讀取txt檔案，指定特定資料，批次匯出Excel檔案

python學習筆記 pandas regex 指定位置批次

mackuo 2023-03-29 22:52:09 ‧ 3561 瀏覽

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本文來自於網友技術問答之改寫：
https://ithelp.ithome.com.tw/questions/10212370

因上面問答資料有點多，網友又有後續提問，寫成文章比較容易編輯。

原先問題及提問分類成2題：

第1題

test.txt資料檔內容如下：

3 i
2 10-
2 ,,
1 / 1 cia
0 \ 0 0 By Pte
人 4 6 8 “Post
-1 / “I 5-
2
2 / TO
-3
4g / 人 ]
Volume shift [ml] 15-

####Flow-Volume-Curve####

Pred Pre %... Post %... Chg...
sr eff 0.96 1.13 118 0.15 89 -25
R tot 0.30 0.48 161 1.44 146 -10
R eff 0.30 0.42 139 0.38 127 -9
Frcpl 2.51 1.16 74 1.79 71 -4
VT 0.59 1.71 290 0.90 154 -47
Ic 1.91 2.44 128 2.38 125 -3
ERV 1.05 0.36 35 0.53 50 45
RV 1.46 1.50 102 1.26 16 -16
TLC 4.44 4.31 97 4.16 94 -3
RV%TLC 32.90 34.78 106 30.30 92 -13
VC IN 2.96 1.02 68 1.38 47 -32
FVC 2.91 2.81 96 2.90 100 3
FEV 1 2.10 2.29 92 2.38 95 4
FEV1%F 81.65 82.08 1
PEF 6.18 6.64 107 5.43 88 -18
MEF 75 5.57 5.79 104 4.98 89 -14
MEF 50 3.93 2.68 68 3.10 79 16
MEF 25 1.71 0.88 52 1.03 60 17
MMEF 3.46 2.24 65 2.50 72 11
FIF 50 4.18 3.94 -6
Substance ventolin

目標：讀取「Pred Pre %… Post %… Chg…」與「Substance ventolin」之間的內容，整理成以下格式：

code1：

# 先找出讀取檔案的起始和結束行
import pandas as pd
import re

file = 'test.txt'

# 設定空的索引
indexes = []
with open(file) as f:        
    lines = f.readlines()
    for i, line in enumerate(lines):
        # 搜尋檔案要讀取的起始位置
        if line.startswith('Pred Pre %... Post %... Chg...'):
            # 找到起始位置後，下一行才開始讀取
            s = i+1
        # 搜尋檔案要讀取的結束位置
        elif line.startswith('Substance ventolin'):
            e = i
            indexes.append((s, e))  
        else:
            pass
# 設定空的list儲存要整理的英文名字
result_name = []
# 設定空的list儲存要整理的數據
result_data = []

# 讀取起始和結束位置中間的資料
for line in lines[s:e]:
    
    # 這邊是用ccutmis前輩的Regex來尋找與切割資料：
    temp = re.findall('(^[A-Za-z%]+.*[A-Za-z%].)(.*)$', line)
    
    # 原始資料中的英文名存到result_name
    result_name.append(temp[0][0])
    
    # 原始資料中的數據存到result_name
    result_data.append(temp[0][1].split(' '))


df_name = pd.DataFrame(result_name)
df_data = pd.DataFrame(result_data)

# 將以上的2個dataframe 串接
df = pd.concat([df_name, df_data], axis=1)

# 將欄名修正為「col_1......, col_x」
df.columns=['col_' + str(x) for x in range(1, len(df.columns)+1)]

df

結果如下：

第2題

假設有3個text檔案，資料分別如下：

test1.txt：

3 i
2 10-
2 ,,
1 / 1 cia
0 \ 0 0 By Pte
人 4 6 8 “Post
-1 / “I 5-
2
2 / TO
-3
4g / 人 ]
Volume shift [ml] 15-

####Flow-Volume-Curve####

Pred Pre %... Post %... Chg...
sr eff 0.96 1.13 118 0.15 89 -25
R tot 0.30 0.48 161 1.44 146 -10
R eff 0.30 0.42 139 0.38 127 -9
Frcpl 2.51 1.16 74 1.79 71 -4
VT 0.59 1.71 290 0.90 154 -47
Substance ventolin

test2.txt：

3 i
2 10-
2 ,,
1 / 1 cia
0 \ 0 0 By Pte
人 4 6 8 “Post
-1 / “I 5-
2
2 / TO
-3
4g / 人 ]
Volume shift [ml] 15-

####Flow-Volume-Curve####

Pred Pre %... Post %... Chg...
Ic 1.91 2.44 128 2.38 125 -3
ERV 1.05 0.36 35 0.53 50 45
RV 1.46 1.50 102 1.26 16 -16
TLC 4.44 4.31 97 4.16 94 -3
RV%TLC 32.90 34.78 106 30.30 92 -13
VC IN 2.96 1.02 68 1.38 47 -32
FVC 2.91 2.81 96 2.90 100 3
Substance ventolin

test3.txt：

3 i
2 10-
2 ,,
1 / 1 cia
0 \ 0 0 By Pte
人 4 6 8 “Post
-1 / “I 5-
2
2 / TO
-3
4g / 人 ]
Volume shift [ml] 15-

####Flow-Volume-Curve####

Pred Pre %... Post %... Chg...
FEV 1 2.10 2.29 92 2.38 95 4
FEV1%F 81.65 82.08 1
PEF 6.18 6.64 107 5.43 88 -18
MEF 75 5.57 5.79 104 4.98 89 -14
MEF 50 3.93 2.68 68 3.10 79 16
MEF 25 1.71 0.88 52 1.03 60 17
MMEF 3.46 2.24 65 2.50 72 11
FIF 50 4.18 3.94 -6
Substance ventolin

目標2-1：批次讀取text檔案，處理完後，輸出成一個test.xlsx檔案，分成「test1, test2, test3」三個工作表。
目標2-2：批次讀取text檔案，處理完後結合所有資料，輸出成一個test.xlsx檔案。

code 2-0：

import glob
import re
import pandas as pd

# 假設所有的text檔案放在20230329_test的目錄下
files = glob.glob('./20230329_test/*.txt')

# 先印出所有的檔案
files

結果如下：
['./20230329_test\test1.txt',
'./20230329_test\test2.txt',
'./20230329_test\test3.txt']

code 2-1：

# 設定空的list儲存迴圈的所有dataframe
df_list = []

# 設定空的list儲存dataframe的工作表名稱
sheet_list = []

# 迴圈讀取所有要處理的檔案
for file in files:
    
    # 將txt的檔案名稱不含副檔名存入sheet_name
    sheet_list.append(file[-9:-4])
    
    # 先找出讀取檔案的起始和結束行
    with open(file) as f:  
        s, e = None, None
        lines = f.readlines()
        for i, line in enumerate(lines):
    
            # 搜尋檔案要讀取的起始位置
            if line.startswith('Pred Pre %... Post %... Chg...'):
            
                # 找到起始位置後，下一行才開始讀取
                s = i+1
            
            # 搜尋檔案要讀取的結束位置
            elif line.startswith('Substance ventolin'):
                e = i
                  
            else:
                pass
    
    # 設定空的list儲存要整理的英文名字
    result_name = []
    
    # 設定空的list儲存要整理的數據
    result_data = []
    
    # 讀取起始和結束位置中間的資料
    for line in lines[s:e]:
        
        # 這邊是用ccutmis前輩的Regex來尋找與切割資料：
        temp = re.findall('(^[A-Za-z%]+.*[A-Za-z%].)(.*)$', line)
        
        # 原始資料中的英文名存到result_name
        result_name.append(temp[0][0])
        
        # 原始資料中的數據存到result_name
        result_data.append(temp[0][1].split(' '))
    
    
    df_name = pd.DataFrame(result_name)
    df_data = pd.DataFrame(result_data)
    
    # 將以上的2個dataframe 串接
    df = pd.concat([df_name, df_data], axis=1)
    
    # 將欄名修正為「col_1......, col_x」
    df.columns=['col_' + str(x) for x in range(1, len(df.columns)+1)]
    
    # 將dataframe存入df_list
    df_list.append(df)

# 將上面處理完的資料分成3個工作表，存入原先資料存中的test.xlsx
w = pd.ExcelWriter('./20230329_test/test.xlsx')
for a, b in zip(sheet_list, df_list):
    b.to_excel(w, sheet_name=f'{a}', index=False)
w.close()

結果如下：
test1工作表

注意test3工作表是col_1-col_8

code 2-2：

# 設定空的list儲存迴圈的所有dataframe
df_list = []

# 設定空的list儲存dataframe的工作表名稱，這個用不到了!!
#sheet_list = []

# 迴圈讀取所有要處理的檔案
for file in files:
    
    # 將txt的檔案名稱不含副檔名存入sheet_name，這個用不到了!!
    #sheet_list.append(file[-9:-4])
    
    # 先找出讀取檔案的起始和結束行
    with open(file) as f:  
        s, e = None, None
        lines = f.readlines()
        for i, line in enumerate(lines):
    
            # 搜尋檔案要讀取的起始位置
            if line.startswith('Pred Pre %... Post %... Chg...'):
            
                # 找到起始位置後，下一行才開始讀取
                s = i+1
            
            # 搜尋檔案要讀取的結束位置
            elif line.startswith('Substance ventolin'):
                e = i
                  
            else:
                pass
    
    # 設定空的list儲存要整理的英文名字
    result_name = []
    
    # 設定空的list儲存要整理的數據
    result_data = []
    
    # 讀取起始和結束位置中間的資料
    for line in lines[s:e]:
        
        # 這邊是用ccutmis前輩的Regex來尋找與切割資料：
        temp = re.findall('(^[A-Za-z%]+.*[A-Za-z%].)(.*)$', line)
        
        # 原始資料中的英文名存到result_name
        result_name.append(temp[0][0])
        
        # 原始資料中的數據存到result_name
        result_data.append(temp[0][1].split(' '))
    
    
    df_name = pd.DataFrame(result_name)
    df_data = pd.DataFrame(result_data)
    
    # 將以上的2個dataframe 串接
    df = pd.concat([df_name, df_data], axis=1)
    
    # 將欄名修正為「col_1......, col_x」
    df.columns=['col_' + str(x) for x in range(1, len(df.columns)+1)]
    
    # 將dataframe存入df_list
    df_list.append(df)

# 將3個檔案串接
df_all = pd.concat(df_list, axis=0).reset_index(drop=True)

# 串接後的檔案存入原先資料存中的test.xlsx
df_all.to_excel('./20230329_test/test.xlsx', index=False)

結果如下：

直播研討會

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直播中

1 則留言

style840102

iT邦新手 5 級 ‧ 2023-04-06 13:55:27

您好，感謝您提供寶貴的意見，想額外請教您!
若MEF 75、MEF 50、MEF 25。此三欄位需要設定為同一儲存格，是否有辦法執行呢?
做過不少嘗試，但是無法正確合併...

回應 8
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mackuo iT邦研究生 1 級 ‧ 2023-04-06 22:18:56 檢舉

不了解您的意思？可以用個截圖說明您要的結果是什麼嗎？

style840102 iT邦新手 5 級 ‧ 2023-04-11 14:50:27 檢舉

style840102 iT邦新手 5 級 ‧ 2023-04-11 14:52:58 檢舉

我嘗試幾種方式，但是都無法讓txt在批量處理的過程，且將欄位合併

mackuo iT邦研究生 1 級 ‧ 2023-04-11 23:29:27 檢舉

總算了解你的表達，將程式碼中的這行：

temp = re.findall('(^[A-Za-z%]+.*[A-Za-z%].)(.*)$', line)

取代成這行：

temp = re.findall('(^MEF 25 |MEF 50 |MEF 75 |[A-Za-z%]+.*[A-Za-z%].)(.*)$', line)

應該就能得到你要的結果：

style840102 iT邦新手 5 級 ‧ 2023-04-12 08:38:16 檢舉

感激不盡...太神奇了!嘗試一整周的問題，感謝您的解惑!

mackuo iT邦研究生 1 級 ‧ 2023-04-12 09:21:20 檢舉

不客氣!!

style840102 iT邦新手 5 級 ‧ 2023-04-12 15:29:12 檢舉

最後想補充詢問您，您會將列替換為col_1-col_8，是否有辦法像圖片的列為Pred、pre、%pre/Pred、post、%post/Pred、%chg呢?

貓虎皮 iT邦新手 3 級 ‧ 2023-04-12 23:28:24 檢舉

將其中的程式碼(同下處)刪除

# 將欄名修正為「col_1......, col_x」
df.columns=['col_' + str(x) for x in range(1, len(df.columns)+1)]

或將其改為下方這樣(其縮排與原先縮排層數相同)

# 將欄名修正為「Pred、pre、%pre/Pred、post、%post/Pred、%chg」
columnNames = ['', 'Pred', 'pre', r'%pre/Pred', 'post', r'%post/Pred', r'%chg']
df.columns = [(columnNames[x] if x < len(columnNames) else '') for x in range(1, len(df.columns)+1)]

希望有幫助到您=^w^=

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