隨著系統持續擴展，API功能也會不斷更新，問題是，舊的使用者或應用程式往往還依賴舊版API，如果新版本直接覆蓋掉舊功能，可能會造成大規模的相容性問題，為了避免這種情況，API設計必須考慮「版本控制」。

最常見的做法是在URL中加入版本號，例如：

/api/v1/users 

/api/v2/users

這樣能讓開發者一眼看出自己正在使用哪一個版本，對於需要長期維護的系統來說非常直觀。

另一種方法是透過HTTP Header指定版本，例如：

GET /users  
Accept-Version: v2  

這種方式能保持URL的乾淨整潔，但需要開發者熟悉API的設計規範。

除了如何標示版本，更重要的是相容性。

如果只是新增欄位或功能，通常能保持向下相容，舊版使用者不需要更改程式碼就能繼續使用，但若涉及刪除欄位、改變資料結構或調整端點設計，就應該建立新版本，並在文件中清楚標明，避免誤用。

版本控制也與維護策略有關，理想的做法是同時維護多個版本，並且公告舊版本的「停用時間」，這樣能給使用者足夠的緩衝期，讓他們有時間將程式切換到新版本，而不是突然發現API無法使用。

在工具層面，許多API文件產生器都支援版本標記，能幫助管理不同版本的端點與參數，讓文件與實際API保持同步。