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共有 9 則文章
鐵人賽 自我挑戰組 DAY 30

技術 RNA-Sick@Day30 > 生活就在呼吸之間|不用寫程式做一個聊天機器人來檢索自己的三十天鐵人文章 (RNA-Sick 生物資訊小指南) feat. Chatfuel

在猶豫與果斷之間 一轉眼就到第三十天啦!本人實在是擠不出更多正經的生物資訊乾貨,所以安插的「學術之路」篇,總集編回顧時刻到啦~ RNA-Sick@Day27 &...

鐵人賽 自我挑戰組 DAY 17

技術 RNA-Sick@Day17 > 基因代號進得去,生物意義出得來,GO 發大財|基因本體論富集分析 feat. Panther classification system (中)

富集分析三步驟 上一篇中已經簡單地說明基因本體論富集分析的概念,這次就來實際操作吧! (截圖來自 Caterpillarplasty) 在開始之前補充一下,從...

鐵人賽 自我挑戰組 DAY 16

技術 RNA-Sick@Day16 > 基因代號進得去,生物意義出得來,GO 發大財|基因本體論富集分析 feat. Gene Ontology (上)

綜合分析篇來囉 『園藝 boy 的生物資訊冒險記趣,跟上學術潮流不走冤望路』系列共有四部分:「基礎篇」、「轉錄體流程篇」、「綜合分析篇」、以及「學術生活篇」。「...

鐵人賽 自我挑戰組 DAY 15

技術 RNA-Sick@Day15 > 銀河在呼喚我|在網頁介面下完成轉錄體分析流程 feat. Galaxy

轉錄體流程篇回顧 經歷了基礎篇與轉錄體流程篇的洗禮,想必各位讀者也已經從被趕上架的鴨子編成獨當一面的烤鴨了,來回味一下整個轉錄體流程的概況吧! RNA-Sick...

鐵人賽 自我挑戰組 DAY 13

技術 RNA-Sick@Day13 > 萬物皆虛,萬事皆允|不用 alignment 推估表現量 feat. kallisto

放棄比對的話,新世界的大門就開啟囉 想知道手邊的兩條序列有多像,最直觀的方式就是把他們排在一起比一比。但是排列比對的概念與規則有很多人為的主觀假設,效能也沒有很...

鐵人賽 自我挑戰組 DAY 10

技術 RNA-Sick@Day10 > 我來組成頭部|把短片段序列組裝成轉錄體 feat. Trinity

神奇的轉錄體拼圖 透過 RNA-Seq 進行轉錄體分析,比起使用微陣列晶片 (microarray) 偵測起基因表現量/轉錄產物量 (transcript le...

鐵人賽 自我挑戰組 DAY 9

技術 RNA-Sick@Day9 > 斷開序列,斷開一切的牽連|把品質不佳的序列剔除掉 feat. Trimmomatic

自動修剪機,修鹼基 fastq 檔案中存放的資料包括序列及其對應的品質,雙端定序的結果分別存放在結尾標記 -1 和 -2 的檔案中。必須將定序品質不佳的鹼基剔除...

鐵人賽 自我挑戰組 DAY 8

技術 RNA-Sick@Day8 > Raw Data 是什麼,能吃嗎?| 一鍵了解序列品質 feat. FastQC

進入轉錄體流程篇 已經寫完了奠定基礎功的七篇,第八天開始就會是基礎分析流程之工具使用。想當初我剛開始進行碩論中 RNA-seq 這個試驗方法的時候,正巧看到一篇...