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英雄需要披風，搞資訊的人需要一個自己喜歡的純文字編輯環境

有一幕令我印象十分深刻，非常用功的專題生把該搜集的序列都搜集好，要上傳到線上分析平台的網站卻一直失敗，原來因為他的副檔名不是 .fasta 而是 .docx。檔案打開，好幾頁的 Times New Roman 襯線非等寬字體核苷酸代號 ATCG，滿頁序列文，一把辛酸淚。

用 Word 或 Excel 整理序列沒有錯，只是比較累而已。你酸澀的眼睛值得更好的工具。

用開源的 Atom 加速各種開發與文字編輯

每個作業系統都有預設的純文字編輯器，像是記事本或TextEdit，最簡單的程式開發就是用記事本打點程式碼，由終端機輸入指令執行該程式碼檔案，執行失敗再回到純文字編輯器修改除錯。把上述功能整合在一起就是整合式開發環境 (IDE, Integrated development environment)，而 Atom 就是一款可以逐步自行改造 (hackable) 添加外掛的純文字編輯器，加上喜歡的外掛不只可以變成 IDE，還可以進行 markdown 寫作預覽，甚至是數位藝術 live coding 介面。

來體驗下 Atom 的魅力吧

基本安裝

A hackable text editor for the 21st Century

Atom 由 Github 開發，來到主頁面看到章魚貓代表你來對了，下方就會自動出現適合的作業系統安裝檔案。windows 版本的話，下載後雙擊執行，可以看著各種貨物裝載到火箭中，一轉眼的時間就安裝完成；mac 的話則是直接解壓縮後拖曳到 Applications 區，在 finder 中右鍵 open。

安裝外掛

外掛分成套件 (Packages)跟佈景主題 (themes)，前者可以替文字編輯器增加各種功能，後者則能更改文字編輯器的外觀配色。

由上方選單開啟 Preferences 面板後，選擇來到 Install 標籤，就可以輸入想要安裝的套件名稱啦！以下便來推薦個生資入門好套件：Hydrogen & Minimap！

Hydrogen 之卷

輸入 Hydrogen，直接 Install，或是點及該卡片查看套件說明頁面。

Hydrogen 可以把 Atom 變成 jupyter notebook 一樣使用，只要使用 #%% 就可以將程式碼區分成不同的 cell，不同的快捷鍵讓開發者選擇一次只執行一個 cell 中的內容或是全部執行。

且讓我以上一回中計算圓周率的例子說明 Hydrogen 的好用～

上圖中可見 jupyter notebook 一格一格的 cell，而 Atom 中的 Hydrogen 就是在純文字的環境中用 #%% 來當作 cell 的分隔。將上一回的程式碼貼到 Atom 中，並儲存為 .py 檔案。第一次執行會稍微停頓一下，出現藍色框框代表沒問題啦～

Jupyter notebook 會自動儲存，但是檔案格式是 ipynb。Atom 編輯完畢的檔案一樣可以存成 .py 的純程式碼檔案。在 Mac 上按下 option+command+enter 就可以執行當前 cell 的程式碼。顯示結果的空間還有附上一個供複製的按鈕，十分方便！

在 Hydrogen 中也可以寫 Markdown 數學式

#%%
from IPython.display import display, Markdown, Latex
Markdown('$\pi = $$\sum_{k=0}^{\infty}$$[{1}/{16^k}(4/(8k+1)-2/(8k+4)-1/(8k+5)-1/(8k+6))]$')
#%%

引入相關函式庫，並稍微修改數學表達式就可以～

綜上所述的方便性，我會推薦 Atom + Hydrogen 作為各位勇者生資入門的第一件披風！

小地圖 (minimap) 之卷

如果是不寫程式的場景，單純要整理有些雜亂的序列檔案的格式，也可以安裝 atom 的 minimap 套件。編輯空間的右方會出現小地圖，也就是整份文件形狀的縮影，寫程式的時候可以掌握進展與結構，手動整理資料的時候也不會在序列之海中迷路。Minimap 搭配上 Atom 內建的搜尋全選取代功能，就可以快速將文字調整成所需要的格式！

如果找到更多實用的、獵奇的、或是天才般的 Atom 套件，請記得告訴我！

參考資料及延伸閱讀

A hackable text editor for the 21st Century

Take your computing experience to the next level.

minimap

Python pi calculation?

關於作者

謝晨 (Chen Hsieh)，臺大園藝暨景觀學系研究所碩士。讀碩士前的興趣是懷著寫點程式妄圖解決農業問題的夢想參加比賽，拿了幾個黑客松與 Open Data 創新應用競賽的獎，卻都沒有勇氣將項目經營下去；研究所期間的興趣轉換成讀學術期刊的出刊電子報。靠著這些興趣當選 107 學年的臺大優秀青年，畢業後在農場旁的研究館辦公室寫點東西，希望可以跟世界分享生物資訊與園藝的樂趣！

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