[Day 08] - Rust x 單元測試 x MLOps (下)

15th鐵人賽 rust mlops unittest

chihying

2023-09-23 16:37:27

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今日份 Ferris

今天要介紹在 MLOps 或資料科學專案中最常見的單元測試情境。
本來想搭配 Rust 程式碼做範例，但 Rust 菜雞如我直接被編譯器毒打了哈哈哈，所以有些部分等我變強一點再來補！
附上跟我一樣嚇爛了的 Ferris：

MLOps 的測試情境

MLOps 的程式碼在測試上雖然擁有與其他軟體專案相同的邏輯，但由於資料科學的本質，某些情境會顯得難以測試。
例如以下都是 MLOps 專案中常見的情境：

讀取與寫入資料
資料轉換
資料驗證
模型訓練
模型讀取與預測

當遇到這些情境時，最好的解法就是事先設計測試案例，並將重點放在輸入/輸出、例外與測試資料轉換的行為。
換句話說就是測試驅動開發，藉由事先考慮如何將程式碼的功能分解為更小、更易於管理的部分，使得這些情境的測試更容易執行。

讀取、清理、寫入資料 (ETL)

與 ETL 相關的函式通常仰賴於先決條件或是與環境互動才能正常運作，因此要測試它們就不僅是幾個 assert 可以搞定的。
例如在 MLOps 專案中常常會讀取並寫入 csv、讀取圖片或音檔，這類函式的先決條件就是要讀取的原始資料檔必須存在，而它們還會因為創造包含乾淨資料的檔案而改變環境：

測試資料讀取

假設我們有一個讀取資料的函式 load_data，它會在檔案存在時讀取 csv 檔並回傳 DataFrame，檔案不存在時則回傳 None：

fn load_data(raw_data_path: &std::path::Path) -> Option<DataFrame> {
    if raw_data_path.is_file() {
        let df = CsvReader::from_path(raw_data_path)
            .unwrap()
            .finish()
            .unwrap();
        Some(df)
    } else {
        None
    }
}

在這個函式裡面使用了標準函式庫 std::path::Path 的 is_file() 確認檔案是否存在，以及 polars 的 CsvReader::from_path(raw_data_path) 讀取原始資料。

但我們並不需要測試 CsvReader::from_path() 或 is_file() 函式，這是 polars 與 Rust 標準函式庫開發者的工作。

我們唯一需要測試的是這個函式的邏輯，也就是 load_data 能在檔案存在時讀取檔案，而在檔案不存在時不做任何事。

其中一個作法是提供一個範例原始檔，呼叫這個函式，然後驗證結果是否為 DataFrame 或 None。
如此一來，測試能夠執行的先決條件就是範例原始檔必須存在 (或不存在)，但這樣有可能造成同一個測試在本機可以執行並通過，到了 build server 卻失敗，這並不是我們所希望的。

更好的作法是破除對範例原始檔的相依性，藉由 mock CsvReader::from_path() 與 is_file() 的呼叫，讓它們回傳預定義的結果，或是使用一個沒有副作用的 stub 來代替，這樣我們就不需要另外留著一個檔案來執行測試，且不論在哪裡執行，測試都能以同樣的方式運作。

mock 與 stub 詳細可以參考單元測試之 mock/stub/spy/fake ? 傻傻搞不清楚

測試資料轉換與寫入

在清理或轉換資料時，唯一的訣竅就是測試固定的輸入與輸出，但每個測試都只做一個驗證。
這代表了會有多個測試使用相同的範例資料，此時利用 fixtures 回傳範例資料就是一個好方法。
而此時測試的步驟如下：

Setup - 把環境設置到可以進行測試。
Assert - 測試！
Teardown - 把環境整理回原本的狀態。

而目前 Rust 支援 fixtures 較受歡迎的測試框架為 rstest，只需要透過 #[fixture] attribute 就可以建立。

資料驗證

資料驗證也是 MLOps 中很重要的一環，在測試的時候可以考慮資料缺失、離群值以及資料處理 pipeline 是否穩健。

模型訓練

為訓練模型的函式撰寫測試也是與傳統測試截然不同的感受。
因為機器學習模型的擬合過程通常都相當複雜，我們無法預測訓練之後會得到怎麼樣的模型，而不知道預期的回傳值，就無法進行測試。
以下對此提供兩個小訣竅：

使用已知回傳值的資料集：
以線性迴歸模型為例，可以使用簡單的直線 y = 2x + 1 生成測試資料，由於我們已知資料會在這條直線上，所以最佳的擬合結果必定是這條直線。
所以訓練模型的函式回傳的模型，其斜率必定為 2，而 y 軸截距必定為 1，我們就能以此為基礎撰寫測試。
使用不等式：
同樣以線性迴歸模型為例，假設我們使用的資料為正相關，如此一來，我們無法預測最佳擬合的線會是哪條，但我們知道訓練後的模型斜率必定大於 0，如此一來就可以用 assert slope > 0 來作為測試的基礎。

除此之外，在訓練過程中我們還可以考慮以下方法來測試、除錯與驗證我們的模型：

Adversarial and Boundary tests to increase robustness
驗證模型在少量類別中的準確性

模型訓練的測試取決於模型的種類，以及對資料的了解，因此可以多與領域專家討論，以寫出正確的測試。

模型讀取與預測

在單元測試時，我們應該將模型讀取與預測像存取檔案一樣破除相依性 (這裡指的是 mock)。
當然，有時候我們還是需要讀取模型進行整合測試，但因為這通常會耗費較多的時間，所以才需要將其隔離開，讓其他部分依然可以快速地進行單元測試或 TDD。
在 Rust 中只需要加上 #[ignore] attribute 即可，例如：

#[cfg(test)]
mod tests {
    use my_crate::model;

    #[test]
    #[ignore]
    fn test_model_load() {
        let model = model::load().unwrap();

        // code that takes an hour to run
    }
}

而要單獨執行這部分測試則可以使用 cargo test -- --ignored。
或是也可以與所有測試一起執行 cargo test -- --include-ignored。

事實上，在對模型進行單元測試的目的並非其準確度或表現，而是對其程式碼品質的確認，例如：