系列文章
[Day 01] 16S rRNA 定序分析技術 ：先備知識
獻給所有斜槓生物資訊的人們 程式設計大概是世界上最容易在網路上找到答案的領域了，奇妙的是有關於生物資訊(生資)的程式設計與分析，在中文的世界卻寥寥無幾。 對從...
[Day 02] 16S rRNA 定序分析應用實例 ：引起動機
用軟體角度來說，定序分析是一種逆向工程 如果說軟體人是用精巧的手在鍵盤中跳躍 組出一個一個實用的程式與系統 那生資人就是在鍵盤中跳躍 拆解一個一個造物者設計好的...
[Day 03] 第一代定序與 NGS 次世代定序原理 (Illumina)
定序的迭代 「定序」就是將一段序列判讀出ATCG排列的順序，「迭代」則是為了接近最終目標而反覆改良的過程， 為了能精準有效率知道生物的基因序列，DNA定序技術一...
[Day 04] 公開文獻的序列下載工具 Python bioinfokit + SRA Toolkit : 16S rRNA 為例
定序完後的資料在哪裡 ? 前一回我們探討了 NGS 從 DNA 樣本到上機 (上 Illumina 機器定序)，今天找找前人上機後的資料，究竟都去哪裡了~如果已...
[Day 05] NGS QIIME2 : 16S rRNA 介紹與分析流程概述
複習與了解 16S rRNA 在前幾天知道了，16S rRNA 菌相資訊的應用 [Day2]16S rRNA 的二代 (NGS) 定序方式 [Day3]16S...
[Day 06] NGS QIIME2 : 安裝與製作輸入檔案 (Manifest & Metadata)
安裝主程式 QIIME2 2022.8 版 QIIME2 堪稱次世代定序分析界的霸主，如同 Mirosoft office 是文書軟體界大哥一樣，雖然兩者用戶數...
[Day 07] NGS QIIME2 : 定序資料加工壓縮 (Artifacts) 與概述 (Overview) 視覺化
壓縮成 QIIME2 artifacts (.qza) 分析專用格式 在整個分析流程中，輸入的檔案必須轉換為 QIIME2 artifacts (.qza) 壓...
[Day 08] NGS QIIME2 : DADA2 序列品質管制 (Quality control) 與視覺化
DADA2 序列品質管制 - 留下好序列，篩掉壞序列 品質管制 (Quality control) 是序列分析重要的一環，為了有系統地留下好序列，DADA2 這...
[Day 09] NGS QIIME2 Debugging : DADA2 序列品質管制 (Quality control) 常見剪切 (Trimming) 錯誤
序列剪切 (Trimming) 是門藝術 實務上由於往往無法從文獻、學長姊(X 中得知，究竟得到的序列是不是含有 Adapter、Barcode，於是嘗試不同的...
[Day 10] NGS QIIME2 : 使用分類器 (Classifier) 做物種分配 (Taxonomy assignment) (上-概念篇)
操作分類單元 OTU (Operational Taxonomic Units) 改編自 (Siegwald, Léa, et al., 2017) 傳統定序分...