製作一張酷酷的分類柱狀圖 (Taxonomy Bar Plot)

分類柱狀圖(Taxonomy bar plot)可以幫助研究者一窺樣本的物種分布，
QIIME2 VIEW 提供的互動式介面可以更改顏色、排序、尺存以及強調標示特定物種。

• 下載訓練好的分類器

  如 [Day 10] 所說，
  先將已訓練好的 Silva 138 V3-V4 分類器silva138_AB_V3-V4_classifier.qza放至 Linux 目錄中。
  Reference : anweshmaile

• 使用分類器註釋 (Annotation) 序列

  使用以下指令，讓分類器註釋我們手上的資料 :

  qiime feature-classifier classify-sklearn \
    --i-classifier silva138_AB_V3-V4_classifier.qza \
    --i-reads rep-seqs-dada2-240.qza \
    --o-classification taxonomy.qza
  

  sklearn 是機器學習廣泛使用的套件，
  有興趣可以參考 queenawu 大大的鐵人賽作品。

  完成後會顯示 :

  '
  Saved FeatureData[Taxonomy] to: taxonomy.qza
  '
  

• 輸出的檔案表格化

  qiime metadata tabulate \
    --m-input-file taxonomy.qza \
    --o-visualization taxonomy.qzv
  

  完成後會顯示 :

  '
  Saved Visualization to: taxonomy.qzv
  '
  

  taxonomy.qzv扔到 QIIME2 VIEW 檢視 :
  

  可以在這裡檢視分類器的效果如何，
  就想像是分類器小朋友繳交的答案卷，
  Taxon 呈現各階層的結果 (界d 門p 綱c 目o 科f 屬g 種s)
  (在Greengene 資料庫則以 D_0, D_1, D_2, D_3 .......數字呈現階層)。

  若是出現許多顯示 Unassigned 或多數無法到 G (Genus) / S (Species)，
  就要考慮分類器是否合適。

• 分類柱狀圖製作

  仔細觀察開頭的柱狀圖，
  發現可能需要樣本名稱sample-metadataa.tsv、剛剛的分類結果等資料，
  如果是照著做下來，這些都之前都已經有了~

  qiime taxa barplot \
    --i-table table-dada2-240.qza \
    --i-taxonomy taxonomy.qza \
    --m-metadata-file sample-metadata.tsv \
    --o-visualization taxa-bar-plots.qzv
  

  完成後會顯示 :

  '
  Saved Visualization to: taxa-bar-plots.qzv
  '
  

  taxa-bar-plots.qzv扔到 QIIME2 VIEW 檢視 :
  

  習慣上會將 Bar width 調到最寬，階層會先看5~7，
  顏色上有個小缺點 : 每十個菌顏色就會開始重複，
  如果想要自行繪製可以在左上角下載表格。

  調整好後就回得到一張漂亮的圖啦~
  

本篇使用到的輸入/輸出檔案 :
Input : silva138_AB_V3-V4_classifier.qza、rep-seqs-dada2-240、table-dada2-240.qza、sample-metadata.tsv、taxonomy.qza
Output: taxonomy.qza、taxonomy.qzv、taxa-bar-plots.qzv

下回繪製 Krona 動態圓餅圖及Top N 分類柱狀圖 !