技術 23 Markov chain 及 HMM

上次我們講完在空間上，我們可以知道資料的區域性，並且利用 convolution 來萃取特徵。 這次我們來講時間，其實不一定要是"時間"序列...

技術 [Day 17] 分析Copy number variation系列 （貳）

繼續昨天的話題 昨天的文章簡單地介紹了幾種偵測CNV的實驗方法及其原理，原本想繼續寫關於CNV-calling的東西，不過這幾天實在是休息不夠，狀態不是很好。這...

技術 RNA-Sick@Day25 > 我念 HMMER，但是我朋友都念 HMMER，聽說正解是HMMER｜基於隱藏式馬可夫鍊的超強序列比對軟體 feat. HMMER3

用 HMMER 掃描序列 演化的基本假設之一就是不同的物種或不同的基因家族成員可能具有共同的祖先，也就是同源(homology) 的概念。我們將序列相似度高的基...

技術 [Day 23] 今天練習用Julia寫HMM-forward

為什麼今天練習這個呢？ 在生物資訊領域裡頭其實有非常多的工具或是演算法都是用Hidden Markov Model (HMM)去實作的，但不才我因為生性懶散，所...