上一篇我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day27-進階人工智慧在分子生物學之應用又是明顯的偷懶，之後會再好好補一下，感覺可能要比30天還長很多，才能讓這些主題更將的論述完畢！為了能對應到當初提到的COVID相關的主題，這邊再度往前跳躍，這次COVID疫情，已經快要兩年了，其實全世界生醫領域也因此有很多驚人的突破，其相關衍生的資料也非常多，畢竟各國需要合作，很多數據需要共享，這邊先介紹一些開源跟COVID相關的資訊來源！

可串皆之開放API

Disease.sh是一個開放API，提供根COVID相關的統計資料，其匯集來自14個地方。
covidAPI也提供另一個JSON相容前端的接口

重要的資料來源

美國約翰霍普金斯COVID19資料中心

這算是目前最重要的一個資料來源，裡面有各國的每日統計資料包含新確診人數、28天確診總人數、死亡人數，目前還新增有疫苗接種人數的資訊，同時裡面還有搭配世界地圖的視覺化圖表。

Nextstrain是一個獲得臉書基金會補助的開源基因資料專案，其是目前最重要的病毒株基因序列變化的分析資料平台。

Nextstrain很特別的地方是除了本身匯集許多菌種定序資料外，本身也提供開源之分析系統，

閱讀參考

• COVID-19 Coronavirus Disease Resource
  https://github.com/Covirusd/resources
• The Host Genetic Initiative COVID19
  https://www.nature.com/articles/s41431-020-0636-6
• A simple way to gather all coronavirus related data with python
• https://ramikrispin.github.io/coronavirus/
• Our World in Data
  *https://statsandr.com/blog/top-r-resources-on-covid-19-coronavirus/
• https://guangchuangyu.github.io/
• https://cran.r-project.org/web/packages/nCov2019/vignettes/nCov2019.html
• Wu T, Hu E, Ge X, Yu G. nCov2019: an R package for studying the COVID-19 coronavirus pandemic. PeerJ. 2021 Jun 10;9:e11421. doi: 10.7717/peerj.11421. PMID: 34178436; PMCID: PMC8199916.

這個月的規劃貼在這篇文章中我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Overview，也會持續調整！我們的基因體時代是我經營的部落格，如有對於生物資訊、檢驗醫學、資料視覺化、R語言有興趣的話，可以來交流交流！