iT 邦幫忙::一起幫忙解決難題，拯救 IT 人的一天

0 Like 1 留言 1635 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組 DAY 20

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 21 篇

技術 [Day 20] 先來自幹一個makewindows的功能好了

經過了將近一週我自己大概地將CNV-calling的方法快速瀏覽過一遍了，今天先花了點時間找了一下看有哪些工具我自己不需要重寫過一次，歸納如下：讀寫及操作...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-21

0 Like 0 留言 1634 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組 DAY 9

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 10 篇

技術 [Day 10] 使用Julia在目標物種當中搜尋一段DNA序列

為什麼我們需要在某個物種當中搜尋一段DNA序列呢？前幾天我拿了些例子說明了怎麼使用一些簡單的步驟，來檢視我們拿到的這個樣品裡頭有哪些細菌種類，這算是這個問題的...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-10

0 Like 0 留言 1615 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組 DAY 22

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 22 篇

技術 RNA-Sick@Day22 > 誰能阻止少年專題生呢？他們聽不到｜用程式上 NCBI 資料庫 feat. NCBI Entrez

請證明你不是機器人繪製親緣關係樹的前置工作中，搜集所有適合一起比對的基因之序列是十分累人的工作。我不寫程式以前，會找一首喜歡的專輯，放著聽，然後開始開啟大量瀏...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-10-07

0 Like 1 留言 1596 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組 DAY 27

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 28 篇

技術 [Day 27] 不算初次接觸的Metaprogramming

其實之前在寫R的時候就用到了後來所知道的metaprogramming 以前為了想要讓自己用R寫的一段程式碼可以自動化地生成一堆變數，然後這些變數還可以在後面繼...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-28

0 Like 1 留言 1545 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組 DAY 19

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 20 篇

技術 [Day 19] 分析Copy number variation系列（肆）

回顧一下前兩天在前兩天的文當中，我分別介紹了應用在SNP array及NGS資料上的CNV-calling方法，今天就來看看如果我想使用julia底下的工具來...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-20

0 Like 1 留言 1534 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 32 篇

技術用Julia將一個Genome按照某個window size切並計算GC content

緣起我在BioJulia裡頭找不到類似R語言裡頭Biostrings那個package所提供的letterFrequencyInSlidingView，所以就...

nostalgie1211 ‧ 2018-11-09

0 Like 0 留言 1516 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組 DAY 29

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 30 篇

技術 [Day 29] 用Julia來研究單細胞定序？

單細胞定序以往我們在說NGS—也就是所謂的次世代定序時，所使用的樣品DNA其實都是來自某塊組織裡的細胞（假設使用的是人類的樣品），還記得以往我們學生物學時學過...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-30

0 Like 0 留言 1476 瀏覽

鐵人賽 AI & Data DAY 6

我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊系列第 6 篇

技術我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day06- 蛋白質結構和機器學習01

上一篇我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day05- 深度學習在基因體學的建模架構02上一篇文章明顯可以看出是...因為昨晚有點事情，只好稍微糖塞一...

weitinglin66 ‧ 2021-09-06

1 Like 0 留言 1421 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組 DAY 26

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 26 篇

技術 RNA-Sick@Day26 > 不被名稱耽誤的套裝軟體｜直接由序列內容預測功能區段 feat. MEME suite

綜合分析篇之總集編來回顧一下短短的綜合分析篇學了什麼吧～ RNA-Sick@Day16 > 基因代號進得去，生物意義出得來，GO 發大財｜基因本體論富集...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-10-11

0 Like 1 留言 1413 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組 DAY 22

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 23 篇

技術 [Day 22] 看一下Julia裡頭的unit test

為什麼要來看一下unit test呢？老實說，我本身並不具有資訊工程相關背景，一開始也沒聽過什麼unit test。但自從踏入了生物資訊這個領域，隨著開發的東...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-23

0 Like 0 留言 1303 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組 DAY 27

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 27 篇

技術 RNA-Sick@Day27 > 嘴巴說可以，身體卻一點也不老實啊｜程式碼筆記本保證研究可再現性 feat. NextJournal

每次遇到宣稱很棒很優秀實際上傲嬌不給用的軟體實在是很困擾啊生物資訊研究中，研究者時常需要自己編寫客製化的程式碼腳本。不論是視覺化或是統計分析的功能，通常都是引...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-10-12

0 Like 0 留言 1281 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組 DAY 21

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 22 篇

技術 [Day 21] 回頭看一下Julia裡頭的一些規範

前面兩週都在講Bio 為了後面寫程式可以避免犯錯，今天得回過頭來讀一下Julia的說明文件，尤其是那些我之前在其他語言比較沒碰過的規範。今天我得回過頭來看的一個...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-22

0 Like 0 留言 1231 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組 DAY 23

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 24 篇

技術 [Day 23] 今天練習用Julia寫HMM-forward

為什麼今天練習這個呢？在生物資訊領域裡頭其實有非常多的工具或是演算法都是用Hidden Markov Model (HMM)去實作的，但不才我因為生性懶散，所...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-24

1 Like 0 留言 1141 瀏覽

技術我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Overview

大家好，我們的基因體時代是我之前一直在經營的部落格名稱，假如對於生物資訊、合成生物學、基因體學、資料視覺化、R有興趣的話，可以來參觀參觀，也歡迎同好多多交流，這...

weitinglin66 ‧ 2021-08-31

0 Like 0 留言 1130 瀏覽

鐵人賽 AI & Data DAY 8

我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊系列第 8 篇

技術我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day08-合成生物學與機器學習

上一篇我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day07- 蛋白質結構和機器學習02:AlphaFold2 和 RoseTTAFold主要分享由DeepM...

weitinglin66 ‧ 2021-09-08

0 Like 0 留言 1099 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組 DAY 24

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 25 篇

技術 [Day 24] 繼續關於CNV的部份

Read-depth 由於這陣子在搞的東西跟CNV有非常大的關係，所以也陸續參考了不少文獻。前面我提過了絕大多數的演算法都是基於read depth這個值衍生出...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-25

0 Like 1 留言 1077 瀏覽

鐵人賽自我挑戰組 DAY 14

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 15 篇

技術 [Day 14] 今天繼續講Whippet這個工具

關於昨天寫的Julia也可以用來分析RNA選擇性剪切一文後來發現這系列不只有讀者，竟然還有response之後，今天就繼續來談一下Whippet.jl這個工具...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-15