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共有 67 則文章
鐵人賽 Build on Google AI DAY 22

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 22 | 數據前處理與初篩 —— 使用 Python 提取與過濾候選非編碼變異

💡 導讀:法庭上的神探指認了嫌疑犯,但法官問:「過去有沒有類似的判例?」 如果你是一位偵探,在法庭上指著一名嫌疑犯說:「根據我的 AI 監視器分析,這個人在案發...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 21

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 21 | 專案架構設計 —— 從 VCF 檔出發的虛擬罕病篩選流水線

💡 導讀:給實習醫生看數據,如果沒給「診斷指南」,會發生什麼事? 如果有一位剛進醫院的實習醫生,你直接塞給他一張印滿密密麻麻數字的血液檢查報告,卻完全不告訴他正...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 20

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 20 | 玩轉學術 Portal —— 透過視覺化介面探索 2,500 種調控基序

💡 導讀:考前衝刺時,你是每次都重讀整本書,還是直接看「錯題本」? 當你準備學測或段考時,遇到不會的題目,你是每一次都花 20 分鐘把整本 500 頁的厚重教科...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 19

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 19 | API 批量查詢與優化 —— 搞定非同步處理與突破 Rate Limit

💡 導讀:當你在搶演唱會門票,如果瘋狂刷新頁面…… 如果你曾經在拓元或 Klook 搶過熱門演唱會門票(像是張惠妹或 Taylor Swift),你一定知道:如...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 18

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 18 | 深入多模態軌跡 —— 取得特定組織的轉錄與剪接預測數值

💡 導讀:如果想從音樂軟體裡,只想聽主唱的獨唱聲音…… 如果你玩過 GarageBand、Logic Pro 或是看過音樂製作人混音,你一定知道一首歌裡面可能包...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 17

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 17 | 呼叫 Python API —— 3 分鐘精準提取單一變異 (SNV) 分數

💡 導讀:想像你在外送 App 輸入「地址」與「門牌號碼」…… 如果你想在外送平台(如 UberEats)點餐,你必須給外送員一個精準的地址,例如:「台北市信義...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 16

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 16 | 環境建置與認證 —— 下載 Python SDK

💡 導讀:想像一下,玩 3D 遊戲不需要買 100 萬元的電競主機…… 如果你想玩一款畫面極其震撼的 3D 遊戲,你不需要親自花 100 萬元買一台超級電腦放在...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 15

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 15 | 高通量飽和突變驗證 ——生物資訊學如何指導Wet lab閉環

💡 導讀:神探(AI)指認了嫌疑犯,但法官(Wet Lab)還需要鐵證如山! 想像一下,AI 就像是一位算力超強的神探。它在 400 萬個嫌疑犯中,幫我們抓出了...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 14

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 14 | 隱藏的致命剪接 —— 從 AVI 指標看透 DNM1 基因異常

💡 導讀:想像電影剪輯師被「假的剪切記號」給騙了…… 如果把基因製造蛋白質的過程,比喻成製作一部賣座電影: 底片膠捲(pre-mRNA):裡面包含了精彩的正...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 13

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 13 | 頑固型癲癇謎團 —— 當全基因組與 RNA 檢測都找不到病因

💡 導讀:當犯罪現場在「大腦控制室」,偵探卻跑到「血液水管」去找線索…… 想像一下,某棟大樓的「頂樓大腦控制室」發生了嚴重的電路短路,導致整座大樓瘋狂跳電(癲癇...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 12

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 12 | 讀懂 AVI 評分指標 —— 它是「危險優先級」,不是「發病機率」!

💡 導讀:身高排名前 1%,就代表一定能打進 NBA 嗎? 如果學校體檢報告顯示你的身高排在全校前 1%,這是否意味著你 100% 確定會成為職業 NBA 籃球...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 11

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 11 | 打破維度災難 —— 拆解 AVI 綜合評分的 18 類特徵架構

💡 導讀:當你手上拿著 500 萬個嫌疑犯,每個嫌疑犯都有 3,000 頁報告…… 如果你是一位偵探,正在調查一起複雜的案件。警方拿給你一份名單,上面有 500...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 10

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 10 | 1 PB 巨量資料庫 —— 解析巨型預算地圖的工程與索引挑戰

💡 導讀:1 PB 的「基因超大型地圖」:AI 如何在毫秒間搜尋 90 億種生命變異? 試想,要如何在 50 萬部 4K 高畫質電影裡,秒速找到「某個演員的某個...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 9

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 09 | 突變效應預測本質 —— 如何精準計算 DNA 序列的微小差分?

💡 導讀:兩張看似相同的圖片,怎麼找出那 1% 的微小差異? 如果你玩過「大家來找碴(Spot the Difference)」遊戲,你一定知道:如果單獨看其中...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 8

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 08 | 單鹼基解析度圖譜 —— 一次預測 RNA 剪接與染色質開放度

💡 導讀:基因組的多頻譜攝影機:AI 如何在單一字母的精細度下,拍出多維分子寫真? 從單色照片到多頻譜攝影機 想像一下,如果你用普通相機拍一張大樓的照片,你只能...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 7

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 07 | 演算法核心拆解 —— CNN 與 Transformer 的多尺度融合

💡 導讀:AI 的雙劍合璧:CNN 與 Transformer 如何聯手讀懂 100 萬個 DNA 字母? 假設你拿到一本厚達 100 萬個英文字母 的解密小說...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 6

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 06 | 100 萬鹼基的視野極限 —— 捕捉三維空間中的遠距調控

💡 導讀:視野的極限:為什麼 AI 必須一次讀懂 100 萬個字母,才能看穿 DNA 的暗號? 假如要把一條 2 公尺長的彩帶塞進一顆乒乓球裡…… 把這一條 2...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 3

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 03 | 傳統工具的瓶頸 —— 演化保守性評分的盲區與極限

💡 導讀:用舊的手機功能,能評估最新智慧型手機的創新嗎? 試想,如果你想評估最新款智慧型手機上的「臉部辨識(FaceID)」功能重不重要,結果卻是去翻看 20...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 2

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 02 | 基因調控密碼學 —— 為什麼同一突變在神經元才致命?

💡 導讀:同一個 DNA 劇本,為什麼不同器官演出的戲碼完全不同? 你是否曾想過: 我們身體裡的每一個細胞(不論是大腦神經元、心肌細胞還是血液白血球),藏在細胞...

鐵人賽 Build on Google AI DAY 1

技術 AlphaGenome Atlas 實戰 | Day 01 | 破解 98% 基因暗物質 —— 告別只看外顯子的時代

💡 導讀:如果 DNA 是一本 30 億個字母的生命天書…… 想像一下,你拿到了一套包含 30 億個字母的「生命說明書」(人類基因組)。在過去幾十年來,科學家們...

鐵人賽 AI & Data DAY 8

技術 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day08-合成生物學與機器學習

上一篇我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day07- 蛋白質結構和機器學習02:AlphaFold2 和 RoseTTAFold主要分享由DeepM...

鐵人賽 AI & Data DAY 6

技術 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day06- 蛋白質結構和機器學習01

上一篇我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day05- 深度學習在基因體學的建模架構02上一篇文章明顯可以看出是...因為昨晚有點事情,只好稍微糖塞一...

鐵人賽 AI & Data DAY 2

技術 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day02- 機器學習在生物資訊中之應用

上一篇我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day01- 超越摩爾定律的資料增長介紹了生醫領域在未來將會產生越來越多的資料,甚至可以使用像是DNA當作是...

技術 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Overview

大家好,我們的基因體時代是我之前一直在經營的部落格名稱,假如對於生物資訊、合成生物學、基因體學、資料視覺化、R有興趣的話,可以來參觀參觀,也歡迎同好多多交流,這...

鐵人賽 自我挑戰組 DAY 27

技術 RNA-Sick@Day27 > 嘴巴說可以,身體卻一點也不老實啊|程式碼筆記本保證研究可再現性 feat. NextJournal

每次遇到宣稱很棒很優秀實際上傲嬌不給用的軟體實在是很困擾啊 生物資訊研究中,研究者時常需要自己編寫客製化的程式碼腳本。不論是視覺化或是統計分析的功能,通常都是引...

鐵人賽 自我挑戰組 DAY 26

技術 RNA-Sick@Day26 > 不被名稱耽誤的套裝軟體|直接由序列內容預測功能區段 feat. MEME suite

綜合分析篇之總集編 來回顧一下短短的綜合分析篇學了什麼吧~ RNA-Sick@Day16 > 基因代號進得去,生物意義出得來,GO 發大財|基因本體論富集...

鐵人賽 自我挑戰組 DAY 25

技術 RNA-Sick@Day25 > 我念 HMMER,但是我朋友都念 HMMER,聽說正解是HMMER|基於隱藏式馬可夫鍊的超強序列比對軟體 feat. HMMER3

用 HMMER 掃描序列 演化的基本假設之一就是不同的物種或不同的基因家族成員可能具有共同的祖先,也就是同源(homology) 的概念。我們將序列相似度高的基...

鐵人賽 自我挑戰組 DAY 24

技術 RNA-Sick@Day24 > 關於資料視覺化,我想說的是|用 python 繪製充滿特色的圖表 feat. seaborn

用 seaborn 繪製特色圖表 比起 R 語言,python 的使用場合更多樣化,因此時常要自行引入相關功能的函式庫。在資料視覺化上最常聽到的 python...

鐵人賽 自我挑戰組 DAY 23

技術 RNA-Sick@Day23 > 基因調控什麼的最喜歡了|啟動子區段序列之順式作用元件分析 feat. PLACE database

基因調控 基因表現是基因體上的 DNA 序列被聚合酶作用合成 RNA 的轉錄過程,整個轉錄過程中有許多不同的蛋白質共同參與,每個蛋白質複合體形成的環節都會影響轉...

鐵人賽 自我挑戰組 DAY 22

技術 RNA-Sick@Day22 > 誰能阻止少年專題生呢?他們聽不到|用程式上 NCBI 資料庫 feat. NCBI Entrez

請證明你不是機器人 繪製親緣關係樹的前置工作中,搜集所有適合一起比對的基因之序列是十分累人的工作。我不寫程式以前,會找一首喜歡的專輯,放著聽,然後開始開啟大量瀏...