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鐵人賽自我挑戰組 DAY 14

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 14 篇

技術 RNA-Sick@Day14 > 檢定只是裝飾而已，上面的大人物是不會懂的｜篩選表現量有顯著差異的基因 feat. edgeR

超級比一比之 CPM, FPKM, TPM RNA-Seq 的主要目的之一就是找到試驗設計處理組間的差異表現基因 (Differential Expressio...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-09-29

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 16

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 17 篇

技術 [Day 16] 分析Copy number variation系列（壹）

昨天我提到了CNV 在昨天開啟了copy number variation系列文的篇章之後，簡單地介紹了CNV是什麼，以及CNV的生物意義，今天我將來介紹目前常...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-17

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技術在sequence alignment中我們所謂的sequence identity到底是啥？

在生物資訊領域中，我們最常幹的事情裡頭絕對少不了序列比對 (sequence alignment)這個工作，而我們用來評估比對後結果的好壞，最常使用的標準之一又...

nostalgie1211 ‧ 2018-11-26

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 9

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 9 篇

技術 RNA-Sick@Day9 > 斷開序列，斷開一切的牽連｜把品質不佳的序列剔除掉 feat. Trimmomatic

最新版本請見：https://chenhsieh.com/post/bioinfo/09-trimmomatic/ 自動修剪機，修鹼基 fastq 檔案中存放的...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-09-24

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 15

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 16 篇

技術 [Day 15] 分析Copy number variation系列（零）

關於這系列我預計用4+1篇的篇幅來講一下關於所謂的拷貝數變異的問題、如何分析拷貝數變異、有哪些演算法及實作，以及最後的在Julia底下該怎麼來分析這種資料。...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-16

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 3

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 3 篇

技術 RNA-Sick@Day3 > 小孩子才要做選擇，我全都要｜入門生物資訊該學什麼語言呢 feat. Anaconda

最新版本請見：https://chenhsieh.com/post/bioinfo/03-anaconda/ 勇者您好，請選擇初始職業與裝備這篇繼續進行啟程前...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-09-18

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 3

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 4 篇

技術 [Day 4] 使用Julia讀取表格資料

為什麼要先看這個？昨天我以最近正在處理的其中一種資料作為這次鐵人賽挑戰的第一個範例，其中主要得先靠著parse某一個資料表格後，抽取出我需要的資料，再使用Bi...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-04

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 12

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 12 篇

技術 RNA-Sick@Day12 > 路遙知馬力，日久見人心｜用燕尾服套裝將序列比對到參考對象上 feat. Bowtie2

最新版本請見：https://chenhsieh.com/post/bioinfo/12-bowtie2/ 燕尾服套裝軟體取名的惡趣味總讓我想到黑暗大法師 RN...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-09-27

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 30

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 31 篇

技術 [Day 30] 疑？最後一天了，來看看怎麼使用Julia爬蟲好了

最後一天收集資料也是生物資訊領域也很重要的一環，而且不是每個資料庫網站都很貼心地提供API讓我們很同意地取得資料，故這最後一天姑且讓我們來看看怎麼使用Juli...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-31

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 10

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 11 篇

技術 [Day 11] 使用Julia處理Fastq/SAM/BAM/VCF/BED/GTF檔

需求前幾天談到的東西幾乎都是與序列比對有關，特別是BLAST之類的比對方法及結果。今天要談的是另外一些比對工具產生的結果，以及怎麼使用Julia底下的工具來處...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-11

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 11

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 12 篇

技術 [Day 12] 關於Julia裡頭的繪圖

萬事具備，就欠東風某種程度上來說，雖然Julia目前所擁有的生物資訊相關套件並沒有R或是Python來的多，但無法很快地吸引很多朋友來跟著學習使用這個新語言最...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-12

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 17

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 18 篇

技術 [Day 17] 分析Copy number variation系列（貳）

繼續昨天的話題昨天的文章簡單地介紹了幾種偵測CNV的實驗方法及其原理，原本想繼續寫關於CNV-calling的東西，不過這幾天實在是休息不夠，狀態不是很好。這...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-18

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 25

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 26 篇

技術 [Day 25] 在Nextflow底下用Julia如何？

Nextflow是啥？ Nextflow是一種基於Groovy語言寫成的workflow framework。Workflow framework對我們這些搞生...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-26

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 18

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 19 篇

技術 [Day 18] 分析Copy number variation系列（參）

昨天介紹了分析Array-based資料當中CNV的一種方法所以今天就不意外地要介紹一下目前用來分析NGS資料當中CNV的方法了！根據Computationa...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-19

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 16

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 16 篇

技術 RNA-Sick@Day16 > 基因代號進得去，生物意義出得來，GO 發大財｜基因本體論富集分析 feat. Gene Ontology (上)

綜合分析篇來囉『園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路』系列共有四部分：「基礎篇」、「轉錄體流程篇」、「綜合分析篇」、以及「學術生活篇」。「...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-10-01

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 13

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 14 篇

技術 [Day 13] Julia也能用來分析RNA選擇性剪切耶

今天打算來分享一篇最近才發表在Cell期刊系列的子期刊 ― Molecular Cells上面的論文：Efficient and Accurate Quanti...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-14

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 21

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 21 篇

技術 RNA-Sick@Day21 > 是擅長畫 Pathway 的朋友啊｜用程式來查京都基因與基因體百科全書 feat. KEGG REST API

KEGG 簡介 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 緣起於 1995 年，由京都大學化學研究所教授金久實提出，最大的...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-10-06

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 25

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 25 篇

技術 RNA-Sick@Day25 > 我念 HMMER，但是我朋友都念 HMMER，聽說正解是HMMER｜基於隱藏式馬可夫鍊的超強序列比對軟體 feat. HMMER3

用 HMMER 掃描序列演化的基本假設之一就是不同的物種或不同的基因家族成員可能具有共同的祖先，也就是同源(homology) 的概念。我們將序列相似度高的基...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-10-10

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 23

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 23 篇

技術 RNA-Sick@Day23 > 基因調控什麼的最喜歡了｜啟動子區段序列之順式作用元件分析 feat. PLACE database

基因調控基因表現是基因體上的 DNA 序列被聚合酶作用合成 RNA 的轉錄過程，整個轉錄過程中有許多不同的蛋白質共同參與，每個蛋白質複合體形成的環節都會影響轉...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-10-08

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 8

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 9 篇

技術 [Day 9] 從Fastq出發到abundance table (二)

話不多說，今天忙到現在才有空寫，就直接接續昨天的話題，不過今天我就直接貼上這些步驟所需的commands了。 Pre-processing 由於我目前最常碰到的...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-09

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 12

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 13 篇

技術昨晚的Julia Taiwan Meetup與今早的北-BiO Meetup

今天不寫技術文這次參加這個鐵人挑戰賽，部份的原因也是因為受到Julia Taiwan社群發起人杜岳華所鼓舞。從以前知道這個語言，到後來真的看到有人將這個語言應...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-13

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 1

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 1 篇

技術 RNA-Sick@Day1 > 你己被選中成為「賽博格研究生」｜生物資訊の冒險記趣 feat. Phylo

最新版本請見：https://chenhsieh.com/post/bioinfo/01-cyborg-and-bioinfo/ 想寫點生物資訊的東西，為什麼要...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-09-16

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 6

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 6 篇

技術 RNA-Sick@Day6 > 我相信自由自在，我詳細希望｜下載 NCBI 上的原始序列 feat. SRA Toolkit (上)

最新版本請見：https://chenhsieh.com/post/bioinfo/06-sra-1/ 每次追動畫最不想看到的就是混時間的總集篇但是該省的經費...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-09-21

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 24

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 24 篇

技術 RNA-Sick@Day24 > 關於資料視覺化，我想說的是｜用 python 繪製充滿特色的圖表 feat. seaborn

用 seaborn 繪製特色圖表比起 R 語言，python 的使用場合更多樣化，因此時常要自行引入相關功能的函式庫。在資料視覺化上最常聽到的 python...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-10-09

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 20

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 20 篇

技術 RNA-Sick@Day20 > 快用你那無敵的非監督機器學習想想辦法吧｜依據表現量特徵將基因分群 feat. K-means clustering (下)

社交惡夢之請跟你座位旁的同學一組 k-means clustering 是我覺得最直觀好理解的分群方式。完整分群的過程概念可以分成兩大部分：一是計算資料點之間...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-10-05

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 4

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 5 篇

技術 [Day 5] 在Julia底下用pipeline串連一堆指令

關於生物資訊分析前幾天雜七雜八地寫了很多東西，最主要的點就在於—生物資訊的分析本身通常都是由一堆別人開發好的工具加上我們自己寫的資料處理scripts所組成（...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-05

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 26

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 27 篇

技術 [Day 26] 關於Julia的Performance

還記得前幾天有談到的scope issue 當時一開始只是自己在寫loop時，發現全域變數在for-loop當中無法被改變，查看了官方文件之後，才知道原來是sc...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-27

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鐵人賽 AI & Data DAY 2

我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊系列第 2 篇

技術我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day02- 機器學習在生物資訊中之應用

上一篇我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day01- 超越摩爾定律的資料增長介紹了生醫領域在未來將會產生越來越多的資料，甚至可以使用像是DNA當作是...

weitinglin66 ‧ 2021-09-02

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 28

When Bioinfo met Julia: Bioinformatician的30天Julia學習之路系列第 29 篇

技術 [Day 28] 初識Julia裡頭的Module

說到Module 在看了官方說明文件的解說之後，仍然有點霧煞煞，我還是先以R語言中的namespace加上environment來理解它好了。簡單說，我認為Ju...

nostalgie1211 ‧ 2018-10-29

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鐵人賽自我挑戰組 DAY 22

猶豫就會敗北，果斷就會白給｜園藝 boy 的生物資訊冒險記趣，跟上學術潮流不走冤望路 feat. RNA-Sick 系列第 22 篇

技術 RNA-Sick@Day22 > 誰能阻止少年專題生呢？他們聽不到｜用程式上 NCBI 資料庫 feat. NCBI Entrez

請證明你不是機器人繪製親緣關係樹的前置工作中，搜集所有適合一起比對的基因之序列是十分累人的工作。我不寫程式以前，會找一首喜歡的專輯，放著聽，然後開始開啟大量瀏...

Chen (Benjamin) Hsieh ‧ 2019-10-07