為什麼要來看一下unit test呢？ 老實說，我本身並不具有資訊工程相關背景，一開始也沒聽過什麼unit test。但自從踏入了生物資訊這個領域，隨著開發的東...
前面兩週都在講Bio 為了後面寫程式可以避免犯錯，今天得回過頭來讀一下Julia的說明文件，尤其是那些我之前在其他語言比較沒碰過的規範。今天我得回過頭來看的一個...
經過了將近一週 我自己大概地將CNV-calling的方法快速瀏覽過一遍了，今天先花了點時間找了一下看有哪些工具我自己不需要重寫過一次，歸納如下： 讀寫及操作...
回顧一下前兩天 在前兩天的文當中，我分別介紹了應用在SNP array及NGS資料上的CNV-calling方法，今天就來看看如果我想使用julia底下的工具來...
昨天介紹了分析Array-based資料當中CNV的一種方法 所以今天就不意外地要介紹一下目前用來分析NGS資料當中CNV的方法了！根據Computationa...
繼續昨天的話題 昨天的文章簡單地介紹了幾種偵測CNV的實驗方法及其原理，原本想繼續寫關於CNV-calling的東西，不過這幾天實在是休息不夠，狀態不是很好。這...
昨天我提到了CNV 在昨天開啟了copy number variation系列文的篇章之後，簡單地介紹了CNV是什麼，以及CNV的生物意義，今天我將來介紹目前常...
關於這系列 我預計用4+1篇的篇幅來講一下關於所謂的拷貝數變異的問題、如何分析拷貝數變異、有哪些演算法及實作，以及最後的在Julia底下該怎麼來分析這種資料。...
關於昨天寫的Julia也可以用來分析RNA選擇性剪切一文 後來發現這系列不只有讀者，竟然還有response之後，今天就繼續來談一下Whippet.jl這個工具...
今天打算來分享一篇最近才發表在Cell期刊系列的子期刊 ― Molecular Cells上面的論文：Efficient and Accurate Quanti...
今天不寫技術文 這次參加這個鐵人挑戰賽，部份的原因也是因為受到Julia Taiwan社群發起人杜岳華所鼓舞。從以前知道這個語言，到後來真的看到有人將這個語言應...
萬事具備，就欠東風 某種程度上來說，雖然Julia目前所擁有的生物資訊相關套件並沒有R或是Python來的多，但無法很快地吸引很多朋友來跟著學習使用這個新語言最...
需求 前幾天談到的東西幾乎都是與序列比對有關，特別是BLAST之類的比對方法及結果。今天要談的是另外一些比對工具產生的結果，以及怎麼使用Julia底下的工具來處...
為什麼我們需要在某個物種當中搜尋一段DNA序列呢？ 前幾天我拿了些例子說明了怎麼使用一些簡單的步驟，來檢視我們拿到的這個樣品裡頭有哪些細菌種類，這算是這個問題的...
話不多說，今天忙到現在才有空寫，就直接接續昨天的話題，不過今天我就直接貼上這些步驟所需的commands了。 Pre-processing 由於我目前最常碰到的...
關於生物資訊分析 前幾天雜七雜八地寫了很多東西，最主要的點就在於—生物資訊的分析本身通常都是由一堆別人開發好的工具加上我們自己寫的資料處理scripts所組成（...
為什麼要先看這個？ 昨天我以最近正在處理的其中一種資料作為這次鐵人賽挑戰的第一個範例，其中主要得先靠著parse某一個資料表格後，抽取出我需要的資料，再使用Bi...
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